فهرست مقالات RAPD-PCR

• دسترسی آزاد مقاله
  • صفحه چکیده
  • متن کامل
  
  1 - جداسازی، شناسایی و انگشت‌نگاری باکتری‌های لاکتوباسیلوس از محصولات لبنی و تخمیری سنتی استان لرستان و تعیین روابط ژنتیکی بین آنها با استفاده از تکنیک RAPD-PCR
  صبا دارائی بهروز دوستی کامران سمیعی
  10.30495/jftn.2023.74174.11265
  باکتریهای اسید لاکتیک (LABs) اجزای اصلی و طبیعی میکرو فلور دستگاه گوارش هستند. شناسایی باکتری های اسید لاکتیک برای مطالعات پایه و کاربرد در صنایع غذایی از اهمیت ویژ‌ه‌ای برخوردار است. جهت جداسازی باکتری‌های اسید لاکتیک طبیعی، نمونه‌های ماست محلی و ترخینه از مناطق مختلف چکیده کامل

  باکتریهای اسید لاکتیک (LABs) اجزای اصلی و طبیعی میکرو فلور دستگاه گوارش هستند. شناسایی باکتری های اسید لاکتیک برای مطالعات پایه و کاربرد در صنایع غذایی از اهمیت ویژ‌ه‌ای برخوردار است. جهت جداسازی باکتری‌های اسید لاکتیک طبیعی، نمونه‌های ماست محلی و ترخینه از مناطق مختلف استان لرستان با در نظر گرفتن فواصل جغرافیائی مناسب و شرایط آب و هوائی مختلف جمع‌آوری شد. پس از جداسازی باکتری‌های گرم مثبت و کاتالاز منفی، تعداد 20 باکتری اسید لاکتیک انتخاب و سپس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی، ژن 16SrDNA تکثیر و پس از همردیفی و مقایسه با بانک اطلاعاتی NCBI، نوع باکتری تعیین گردید. به منظور برآورد تنوع ژنتیکی بین باکتری‌های مورد مطالعه، از 4 آغازگر نشانگر RAPD استفاده شد. در انتها درخت فیلوژنتیکی بین باکتری‌های مورد مطالعه انجام گرفت. براساس آزمون آنتی‌بیوگرام مشخص شد که باکتری‌های مورد مطالعه به آنتی‌بیوتیک کانامایسین و آمیکاسین مقاوم و به آنتی‌بیوتیک‌های جنتامایسین، ونکومایسین و تتراسایکلین حساس بودند. باکتری‌های جداسازی شده از ترخینه با 97 درصد شباهت و باکتری‌های جداسازی شده از ماست با 89 درصد شباهت در گروه مشابهی قرار گرفتند. دو سویه باکتری جداسازی شده از ماست با 94 درصد به باکتری L.rhamnosus شباهت داشتند. در رابط با دو سویه باکتری جداسازی شده از نمونه ترخینه، نتایج نشان داد که این دو باکتری با شباهت 98 درصد به باکتری‌ گونه L.pentosus شباهت داشتند. براساس نتایج گروه‌بندی توسط نشانگر RAPD، باکتری‌های مورد مطالعه در ضریب تشابه 57 درصد تشکیل 6 گروه دادند و یک ژنوتیپ به تنهایی یک گروه تشکیل داد. در رابطه با فواصل جغرافیائی و گروه‌بندی به دست آمده، نمونه‌های باکتری جداسازی شده از محصولات سنتی مناطق جغرافیائی مشابه، در گروه‌های نزدیک به هم قرار گرفتند. نتایج به طور کلی نشان داد که استفاده از نشانگرهای ژنتیکی می‌تواند در شناسائی دقیق‌تر گونه و سویه باکتری‌های اسید لاکتیک محصولات لبنی و تخمیری بسیار کارا باشد. پرونده مقاله
• دسترسی آزاد مقاله
  • صفحه چکیده
  • متن کامل
  
  2 - بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های سودوموناس آئروژینوزا بدست آمده از موارد ورم پستان گاو در شهر تبریز
  سامان مهدوی
  10.30495/jvm.2023.1978304.1239
  باکتری پســودوموناس آئروژینوزا از مهمترین پاتوژن‌های فرصت‌طلب بوده که موجب بروز ورم پســتان‌های تحت بالینی مقاوم به درمان در گاوهای شیری می‌باشد. بررسی الگوی ژنتیکی ایزوله‌ها، در مدیریت عفونت‌های ناشی از این باکتری ضروری است. هدف از این مطالعه، بررسی تنوع ژنتیکی جدایه ه چکیده کامل

  باکتری پســودوموناس آئروژینوزا از مهمترین پاتوژن‌های فرصت‌طلب بوده که موجب بروز ورم پســتان‌های تحت بالینی مقاوم به درمان در گاوهای شیری می‌باشد. بررسی الگوی ژنتیکی ایزوله‌ها، در مدیریت عفونت‌های ناشی از این باکتری ضروری است. هدف از این مطالعه، بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های سودوموناس آئروژینوزا بدست آمده از موارد ورم پستان گاو در شهر تبریز بود. در این مطالعه توصیفی مقطعی، از 200 راس گاو مبتلا به ورم پستان در گاوداری‌های شهر تبریز نمونه‌گیری انجام شد. پس از انجام آزمایشات بیوشیمیایی اختصاصی و رنگ آمیزی، موارد مثبت جهت آزمایشات مولکولی مورد استفاده قرار گرفتند. از مجموع 200 مورد گاو مبتلا به ورم پستان، 90 ایزوله (%45) پسودوموناس آئروژینوزا شناسایی شد. نتایج حاصل از RAPD-PCR نشان داد که 80 ایزوله (9/%88) از نمونه‌های تحت مطالعه، با هر دو پرایمر مورد استفاده، قابل تایپ بودند و 10 ایزوله (%10) با پرایمرهای مورد استفاده تایپ نشدند. ایزوله‌های تایپ شده در 14گروه مجزا قرار داشتند و هر کدام حاوی چندین نمونه پسودوموناس آئروژینوزا بودند. گروه‌های I و VII بیشترین ایزوله را داشتند و گروه‌های IX، X و XII دارای کمترین ایزوله بودند. نتایج نشان داد که RAPD-PCR، روش ابزار ژنوتیپ‌بندی با قدرت افتراق بالا در مطالعات اپیدمیولوژی و پلی‌مورفیسم سویه‌های پسودوموناس آئروژینوزا می‌باشد. با توجه به داده‌های این مطالعه، کنترل منابع عفونت در ورم پستان ناشی از این باکتری، جهت کنترل و پیشگیری از انتقال این باکتری تأکید می‌شود. پرونده مقاله
• دسترسی آزاد مقاله
  • صفحه چکیده
  • متن کامل
  
  3 - بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌های استافیلوکوکوس اورئوس مقاوم به متی‌سیلین جداسازی شده از نمونه‌های بالینی با روش RAPD-PCR
  برومند مرواریدی شهرام نخجوان شهرام ننه کرانی رضا یاری
  سابقه و هدف:استافیلوکوک اورئوس مقاوم به متی سیلین عامل مهم عفونت‌های اکتسابی بیمارستانی است. تنوع ژنتیکی در استافیلوکوکوس اورئوس می‌تواند بر پاسخ به درمان تأثیر بگذارد و لذا شناسایی آنها در انتخاب آنتی بیوتیک‌های کارآمد، مؤثر می‌باشد. در این مطالعه سعی شد تا تنوع ژنتیکی چکیده کامل

  سابقه و هدف:استافیلوکوک اورئوس مقاوم به متی سیلین عامل مهم عفونت‌های اکتسابی بیمارستانی است. تنوع ژنتیکی در استافیلوکوکوس اورئوس می‌تواند بر پاسخ به درمان تأثیر بگذارد و لذا شناسایی آنها در انتخاب آنتی بیوتیک‌های کارآمد، مؤثر می‌باشد. در این مطالعه سعی شد تا تنوع ژنتیکی جدایه‌های MRSA با پرایمرهای تصادفی تعیین گردد.مواد و روش کارها:پژوهش توصیفی- مقطعی حاضر در سال 1394 بر روی 50 ایزوله MRSAانجام شد. ژنوم با روش Boiling استخراج گردید. تکنیک RAPD-PCR با 16پرایمر انجام و قرابت ژنتیکی ایزوله‌ها با استفاده از ماتریس یک و صفر و خوشه‌بندی و رسته‌بندی با کمک نرم‌افزار NTSYS و MVSP انجام شد.نتایج:بیشترین و کمترین باندهای تولیدی مربوط به پرایمرهای 4M و 9 Mمی‌باشد. بیشترین میانگین باند برای هر ایزوله- پرایمر مربوط به پرایمر 4M با 1/8 باند است. بیشترین باند پلیمرف با 36 باند مربوط به پرایمر 5M می‌باشد. بزرگ‌ترین و کوچک‌ترین باندها مربوط به پرایمر 2M باKb 6/3 و پرایمر 12M به میزان bp100 بود. 16 آغازگر 583 باند تشکیل دادند که 412 (91/70%) باند پلیمرف و 171 (09/29%) باند اختصاصی بود.این روش ایزوله‌ها را به دو خوشه عمده تقسیم‌بندی کرد.نتیجه‌گیری:مطالعه نشان داد ایزوله‌ها از نظر ژنتیکی هتروژن می‌باشند. نتایج بیانگر تواناییRAPD-PCR در تمایز ایزوله‌ها است. رعایت بهداشت توسط افراد مراجعه‌کننده به مراکز درمانی و نیز استریل لوازم و وسایل مورد استفاده عمومی بیماران و مراجعان این مراکز مورد تاکید است. پرونده مقاله
• دسترسی آزاد مقاله
  • صفحه چکیده
  • متن کامل
  
  4 - تنوع ژنتیکی درون گونه‌ای جمعیت‌های مختلف نماتد Meloidogyne javanica در مزارع گوجه‌فرنگی استان خراسان شمالی با استفاده از نشانگر RAPD-PCR
  قاسم فدوی خلاجلو عصمت مهدیخانی مقدم حمید روحانی
  به منظور شناسایی نماتدهای ریشه گرهی گوجه‌فرنگی در استان خراسان شمالی، طی سال‌های 1388 و 1389 تعداد 21 جمعیت از نماتدهای ریشه گرهی از ریشه گوجه‌فرنگی در مناطق مختلف استان خراسان شمالی جمع‌آوری و شبکه کوتیکولی انتهای بدن ماده‌های بالغ و خصوصیات مرفولوژیکی لاروهای سن دو از چکیده کامل

  به منظور شناسایی نماتدهای ریشه گرهی گوجه‌فرنگی در استان خراسان شمالی، طی سال‌های 1388 و 1389 تعداد 21 جمعیت از نماتدهای ریشه گرهی از ریشه گوجه‌فرنگی در مناطق مختلف استان خراسان شمالی جمع‌آوری و شبکه کوتیکولی انتهای بدن ماده‌های بالغ و خصوصیات مرفولوژیکی لاروهای سن دو از لحاظ خصوصیات مرفولوژیکی مطالعه و تنوع قابل ملاحظه‌ای بین جمعیت‌های مختلف این گونه مشخص نگردید. به منظور مطالعات مولکولی و بررسی تنوع ژنتیکی درون گونه‌ای Meloidogyne javanica، گونه مذکور در گلخانه تکثیر شد. پس از خالص‌سازی و تکثیر نماتد بر روی رقم حساس گوجه‌فرنگی (Red colud) در گلخانه، تخم‌ها و لاروهای سن دوم هر ریشه جدا و به عنوان یک جمعیت در نظر گرفته شد. پس از استخراج DNA ژنومی نتایج بررسی‌های مرفولوژیکی توسط آغازگرهای اختصاصی گونه M. javanica ارزیابی و برای بررسی میزان تنوع ژنتیکی در جمعیت‌های مختلف این گونه از روش RAPD استفاده شد. فرآورده‌های حاصل از واکنش PCR بر روی ژل آگارز 7/1 درصد الکتروفورز و چند شکلی‌های به وجود آمده از DNA هر جمعیت در این تکنیک، بر اساس وجود یا عدم وجود باند به صورت داده‌های صفر و یک ثبت گردید و سپس ماتریس تشابه بر مبنای ضریب شباهت Dice محاسبه شد. جهت بررسی تنوع ژنتیکی بین جمعیت‌ها، ماتریس فاصله ژنتیکی تشکیل و تجزیه خوشه‌ای به روش UPGMA در نرم‌افزار NTSYS انجام شد. دندروگرام حاصل از داده‌های RAPD در سطح تشابه 73٪ به پنج گروه اصلی تقسیم شد. با توجه به نتایج کلی، نشانگر RAPD توانست 73٪ تشابه و 27٪ تفاوت بین جمعیت‌های مختلف گونه مورد مطالعه را نشان دهد. پرونده مقاله
• دسترسی آزاد مقاله
  • صفحه چکیده
  • متن کامل
  
  5 - کاربرد نشانگر ملکولی RAPDدر بررسی تنوع ژنتیکی کفشدوزک (Col.:Coccinellidae) Hippodamia variegata در استان لرستان
  مریم هاشمی فاطمه نبی‌‌پور رضا یاری رضا جعفری
  کفشدوزک (Col.:Coccinellidae) Goeze Hippodamia variegata یکی از شکارگرهای مهم آفات در کشتزارهای ایران است. این شکارگر همه چیز خوار است و از شته ‌ها و پسیل ‌ها تغذیه می ‌کند. مارکر RAPD نشانگر ژنتیکی مفیدی در بررسی تنوع ژنتیکی و چندشکلی در بین کفشدوزک ‌ها می ‌باشد. این تح چکیده کامل

  کفشدوزک (Col.:Coccinellidae) Goeze Hippodamia variegata یکی از شکارگرهای مهم آفات در کشتزارهای ایران است. این شکارگر همه چیز خوار است و از شته ‌ها و پسیل ‌ها تغذیه می ‌کند. مارکر RAPD نشانگر ژنتیکی مفیدی در بررسی تنوع ژنتیکی و چندشکلی در بین کفشدوزک ‌ها می ‌باشد. این تحقیق با هدف شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت کفشدوزک Hippodamiavariegata در 9 جمعیت طبیعی و 2 جمعیت پرورش تجاری صورت پذیرفته است. برای بررسی تنوع ژنتیکی از 8 آغازگر10 نوکلئوتیدی تصادفی (C-15،C-16 ، C-18، C-19، BE-03، BE-09، B-01، B-06 ) استفاده گردید. تمامی آغازگرها باندهای واضح و تکرار پذیر ایجاد کردند. از 147 باند تولید شده 82 باند یعنی78/55% باند چند شکل بودند. طول قطعات تکثیر یافته در آغازگرها از 225 تا 20000 جفت باز متغیر بود. دندروگرام بر اساس ضریب تشابه جاکارد به روش UPGMA رسم گردید. نتایج حاصل از تجزیه خوشه ای، بیانگر وجود تفاوت ژنتیکی بالا در بین جمعیت ‌های مورد مطالعه در سطح استان لرستان بود. پرایمر BE-09 (باند 28) بالاترین و پرایمر C-16 (باند 13) کمترین تعداد باند را تشکیل دادند. به طوری که تنها دو جمعیت دورود و خرم آباد آن هم با درصد بسیار کم (به میزان 285/0 با ضریب جاکارد) نخستین خوشه را تشکیل می ‌دادند و سایر خوشه ‌ها با درصد تشابه بسیار کم تشکیل شدند که این امر حاکی از مستعد بودن شرایط اکولوژی و جغرافیایی استان لرستان با وجود کوچک بودن سطح استان برای ایجاد و حفظ تنوع ژنتیکی در کفشدوزک ‌های استان می ‌باشد. [1] . Jaccards similarity coefficient [2] . Unweighted paired group method using aarithmetic average پرونده مقاله
• دسترسی آزاد مقاله
  • صفحه چکیده
  • متن کامل
  
  6 - بررسی تنوع ژنتیکی لاکتوباسیلوس‌های جدا شده از نمونه‌های شیر گاو به روش RAPD-PCR
  حکیمه قلعه خانی معصومه حاجی رضایی آرتادخت توکلی
  10.30495/qafj.2021.685558
  محصولات لبنی مناطق مختلف می توانند منبعی برای سویه های جدید لاکتوباسیلوس باشند، بنابراین شناسایی مولکولی و بررسی تنوع ژنتیکی آنها می تواند گام موثری در شناسایی ذخیره لاکتوباسیلوس های بومی با خصوصیات عملکردی ویژه و به کارگیری آنها در محصولات لبنی صنعتی شود. هدف از این تح چکیده کامل

  محصولات لبنی مناطق مختلف می توانند منبعی برای سویه های جدید لاکتوباسیلوس باشند، بنابراین شناسایی مولکولی و بررسی تنوع ژنتیکی آنها می تواند گام موثری در شناسایی ذخیره لاکتوباسیلوس های بومی با خصوصیات عملکردی ویژه و به کارگیری آنها در محصولات لبنی صنعتی شود. هدف از این تحقیق جداسازی لاکتوباسیلوس ها از فلور موجود در شیر گاو شهرستان نرماشیر و بررسی تنوع ژنتیکی آنها می باشد. بدین منظور تعداد 21 نمونه شیر از مناطق مختلف این شهرستان جمع آوری و با روش های مرسوم فنوتیپی و بیوشیمیایی لاکتوباسیلوس ها جداسازی شدند. به منظور غربالگری و بررسی تنوع ژنتیکی لاکتوباسیلوس های جدا شده، پنج پرایمر RAPD به طور تصادفی انتخاب گردید و پس از PCR، تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی و فیلوژنتیکی با استفاده از نرم افزار Pyelph انجام و درخت فیلوژنی رسم شد. تجزیه خوشه ای داده های مولکولی توانست جدایه ها را در فاصله ژنتیکی 10 به هفت گروه مجزا تقسیم بندی کند. جدایه های K3 و K4 در گروه یک و جدایه های K21 و K13 و K11 در گروه چهار قرار گرفتند. بقیه جدایه ها در گروه های مجزا قرار گرفتند. از آنجائیکه جدایه های K3 و K4 از یک ناحیه و جدایه های K21 و K13 نیز از یک ناحیه جمع آوری شده اند، قرار گرفتن آنها در یک گروه منطقی به نظر می رسد. نتایج بدست آمده از این تحقیق بیانگر تنوع ژنتیکی بالای جدایه های بومی شهرستان نرماشیر و مناسب بودن تکنیک RAPD-PCR برای مطالعات مشابه می باشد. پرونده مقاله
• دسترسی آزاد مقاله
  • صفحه چکیده
  • متن کامل
  
  7 - ارزیابی ویژگی‌های پروبیوتیکی و تنوع درون گونه‌ای سویه‌های Lactobacillus plantarum جدا شده از موادغذایی مختلف با روش RAPD-PCR
  دینا شهرام پور مرتضی خمیری محبوبه کشیری سید محمد علی رضوی
  10.30495/jfm.2021.683635
  هدف از این مطالعه ارزیابی تنوع درون گونه‌ای 10 سویه Lactobacillus plantarum جدا شده از موادغذایی مختلف شامل زیتون تخمیری، پنیرکوزه، شیر شتر و خمیر ترش به کمک روش RAPD-PCR همچنین مقایسه قابلیت پروبیوتیکی آن‌ها بود. نتایج نشان داد که الگوی باندی متفاوتی توسط سه نوع پرایمر چکیده کامل

  هدف از این مطالعه ارزیابی تنوع درون گونه‌ای 10 سویه Lactobacillus plantarum جدا شده از موادغذایی مختلف شامل زیتون تخمیری، پنیرکوزه، شیر شتر و خمیر ترش به کمک روش RAPD-PCR همچنین مقایسه قابلیت پروبیوتیکی آن‌ها بود. نتایج نشان داد که الگوی باندی متفاوتی توسط سه نوع پرایمر برای سویه‌های مختلف به وجود آمد و برطبق ماتریس تشابه رسم شده توسط نرم‌افزار NTSYS بر اساس ضریب جاکارد، به طورکلی 10 سویه در دو شاخه اصلی و 7 زیرگروه جانبی قرار گرفتند. دو سویه 17 KAOو 64KAO جدا شده از منشا یکسان زیتون تخمیری بیشترین شباهت را داشتند. علاوه بر این ویژگی پروبیوتیکی سویه‌های ‌ L. plantarum در سطح نژاد متفاوت ارزیابی شد. نتایج تست ایمنی نشان داد که همه نژادهای مختلف L. plantarum، گاما-همولتیک بودند و در برابر آنتی بیوتیک ونکومایسین مقاوم بودند و مقاومت آن‌ها در برابر سایر آنتی بیوتیک‌های رایج متفاوت بود. سویه‌های جدا شده از پنیر کوزه شامل 37KMC و 45 KMCاز بیشترین مقاومت در برابر اسید برخوردار بودند. از سوی دیگر مقاومت در برابر 3/0 درصد نمک صفراوی نشان داد که اختلاف معناداری از این نظر بین سویه‌های جدا شده از زیتون تخمیری وجود ندارد و سویه 5 KMM بیشترین مقاومت را داشت. به علاوه فعالیت ضدمیکروبی سویه ها در برابر باکتری‌های بیماری‌زای گرم مثبت L. monocytogenes و گرم منفی E. coli متفاوت بود و بیشترین فعالیت ضدباکتریایی به سویه 45 KMCتعلق داشت. بنابراین با توجه به هدف مورد نظر می‌توان هریک از سویه‌های L. plantarum به عنوان کشت پروبیوتیک در صنایع غذایی و دارویی پیشنهاد نمود. پرونده مقاله
• دسترسی آزاد مقاله
  • صفحه چکیده
  • متن کامل
  
  8 - دسته‌بندی ژنتیکی ایزوله‌های اشریشیاکلی O157:H7جدا شده از گوشت خام دام و طیور با روش RAPD-PCR
  ماندانا لطفی حسن ممتاز الهه تاج بخش
  باکتری اشریشیاکلی O157:H7یکی از مهم ترین سویه های بیماری زای روده ای است که معمولا از طریق آب و غذای آلوده به انسان منتقل می شود. این سویه عامل ایجاد کولیت خونریزی دهنده، سندرم HUS، ترومبوتیک سیتوپنیک پورپورا و در مواردی مرگ است. مخزن اصلی این باکتری نشخوارکنندگان هستند چکیده کامل

  باکتری اشریشیاکلی O157:H7یکی از مهم ترین سویه های بیماری زای روده ای است که معمولا از طریق آب و غذای آلوده به انسان منتقل می شود. این سویه عامل ایجاد کولیت خونریزی دهنده، سندرم HUS، ترومبوتیک سیتوپنیک پورپورا و در مواردی مرگ است. مخزن اصلی این باکتری نشخوارکنندگان هستند. هدف از این پژوهش دسته بندی ژنتیکی (ژنوتایپینگ) ایزوله های این سویه جدا شده از گوشت خام دام و طیور با روش RAPD-PCR است. 344 نمونه گوشت خام نشخوارکنندگان و طیور از مراکز عرضه گوشت تازه در شهرهای اصفهان و شهرکرد جمع آوری و پس از کشت و جداسازی اشریشیاکلی از آن ها، حضور سروتیپ O157:H7با استفاده از روش PCR تایید شد. جهت دسته بندی ژنتیکی ایزوله های O157:H7 جدا شده از روش RAPD-PCR استفاده شد. از مجموع 344 نمونه گوشت خام مورد مطالعه، 202 جدایه اشریشیاکلی (7/58درصد) جداسازی شد که میزان آلودگی به سویه O157:H7 در آن ها، 8/17 درصد (36 نمونه) بود.دسته بندی ژنتیکی جدایه های اشریشیاکلی O157:H7، 9 پروفایل مختلف را در میان این 36 جدایه نشان داد و قرابتی معادل 7/43 تا 100 درصد در بین ایزوله ها یافت شد. در این پژوهش تشابه مولکولی زیادی بین سویه‌هایاشریشیاکلی O157:H7جدا شده از گوشت حیوانات مختلف در شهرهای اصفهان و شهرکرد دیده شد. همچنین مشخص شد که روش RAPD-PCR روشی ساده، سریع و ارزان جهت توصیف تنوع ژنتیکی سویه های مختلف اشریشیاکلی ازجمله سویه O157:H7می باشد پرونده مقاله
• دسترسی آزاد مقاله
  • صفحه چکیده
  • متن کامل
  
  9 - ژنوتایپینگ جدایه های سودوموناس آئروژینوسای جدا شده از عفونت های بیمارستانی
  غلامرضا بنی شریف حسن ممتاز
  سابقه و هدف: سودوموناس آئروژینوسا یک پاتوژن فرصت طلب شایع بیمارستانی است که مسئول طیف وسیعی از عفونت‌های انسانی می‌باشد. مطالعه حاضر با هدف دسته بندی ژنتیکی جدایه های سودوموناس آئروژینوسا جدا شده از عفونت های بیمارستانی انجام شد. مواد و روش ها: این مطالعه مقطعی توصیفی ب چکیده کامل

  سابقه و هدف: سودوموناس آئروژینوسا یک پاتوژن فرصت طلب شایع بیمارستانی است که مسئول طیف وسیعی از عفونت‌های انسانی می‌باشد. مطالعه حاضر با هدف دسته بندی ژنتیکی جدایه های سودوموناس آئروژینوسا جدا شده از عفونت های بیمارستانی انجام شد. مواد و روش ها: این مطالعه مقطعی توصیفی بر روی 18 جدایه سودوموناس آئروژینوسا جداسازی شده از بیماران بستری در بیمارستان های سطح شهرستان شهرکرد انجام گرفت. به منظور ژنوتایپینگ آن ها از سه روش RAPD-PCR، ERIC-PCR و Rep-PCR استفاده گردید.یافته ها: در آزمون RAPD-PCR، 86 باند مختلف DNA از حدوداً 300 تا 10000 جفت باز در جدایه های مورد بررسی ایجاد شد. از این میان تعداد 74 باند از آن ها پلی مورفیک بود. در آنالیز جدایه های سودوموناس آئروژینوسا با روش ERIC-PCR تعداد 98 باند مختلف با حدود 150 تا 8000 جفت باز مشاهده شد که الگوی باندینگ 14 جدایه از 18 جدایه مورد بررسی پلی مورفیک بود. در آزمایش Rep-PCR، 16پروفایل ژنومی حاصل گردید که در مجموع شباهتی بین حدود 30 تا 86 درصد بین جدایه ها مشاهده شد و تعدادی از نمونه ها دارای شباهت 100 درصد بودند. نتیجه گیری: به طور کلی تمام جدایه های مورد بررسی دارای الگوی باندی پلی مورفیک بودند. هیچ باند مونوفورمیکی در جدایه ها مشاهده نشد. وجود الگوی باندی پلی مورفیک در استفاده از تکنیک های مورد بررسی نشان می دهد که سرعت بالایی از پلی مورفیسم در ژنوم سودوموناس آئروژینوسا وجود دارد و روش های مورد استفاده در این مطالعه هر کدام ابزارهایی قدرتمند در دسته بندی سودوموناس آئروژینوسا می باشند. پرونده مقاله
• دسترسی آزاد مقاله
  • صفحه چکیده
  • متن کامل
  
  10 - مطالعه تنوع ژنتیکی جدایه های بالینی مایکوباکتریوم فورچوئیتوم بر اساس تکنیک RAPD-PCR
  رسا شینی محراب زاده آذردخت خسروی عبدالرزاق هاشمی هوشنگ جمالی
  سابقه و هدف: امروزه مایکوباکتریوم های غیرتوبرکلوزی (NTM)، به دلیل افزایش شیوع بیماری زایی و ظهور مقاومت های آنتی بیوتیکی اهمیت فراوان یافته اند. رایج ترین مایکوباکتریوم غیرسلی در ایران ، مایکوباکتریوم فورچوئیتوم می باشد. این مطالعه با هدف شناسایی مولکولی و بررسی تنوع ژن چکیده کامل

  سابقه و هدف: امروزه مایکوباکتریوم های غیرتوبرکلوزی (NTM)، به دلیل افزایش شیوع بیماری زایی و ظهور مقاومت های آنتی بیوتیکی اهمیت فراوان یافته اند. رایج ترین مایکوباکتریوم غیرسلی در ایران ، مایکوباکتریوم فورچوئیتوم می باشد. این مطالعه با هدف شناسایی مولکولی و بررسی تنوع ژنتیکی در میان جدایه های بالینی مایکوباکتریوم فورچوئیتوم در ایران با استفاده از روش RAPD-PCR انجام شد. مواد و روش ها: این مطالعه به صورت مقطعی- توصیفی بر روی 81 ایزوله NTM جداسازی شده از نمونه های مختلف بالینی انجام شد. به منظور شناسایی اولیه مایکوباکتریوم فورچوئیتوم از رنگ آمیزی اسیدفست و تست های رایج بیوشیمیایی استفاده گردید. جدایه ها با روش PCR تایید شدند و محصولات PCR به وسیله 3 آنزیم برش دهنده AvaII، HphI وHpaII هضم گردیدند. در نهایت تیپ بندی مولکولی جدایه های مایکوباکتریوم فورچوئیتوم به کمک آنالیز RAPD انجام شد. یافته ها: از مجموع 81 ایزوله NTM بررسی شده، 36 سویه به عنوان مایکوباکتریوم فورچوئیتوم شناسایی شدند. این سویه ها بر اساس پرایمرهای RAPD در 10 خوشه اصلی قرار گرفتند. بیشتر جدایه ها در رپید تایپ 1 (9 عضو ، 25%)، 2 (8 عضو ، 22.2%) و 6 (6 عضو ، 16.6%) طبقه بندی شدند. در آنالیز رپید، قطعه اصلی 300 جفت بازی (94.4%) و پس از آن قطعه 1000 جفت بازی (66.6%) وجود داشت. نتیجه گیری: نتایج مطالعه حاضر، قدرت تمایزی بالای RAPD-PCR را نشان می دهد. این آنالیز می تواند تنوع ژنتیکی و اطلاعات اپیدمیولوژیکی را در مورد جدایه های مایکوباکتریوم فورچوئیتوم ارائه دهد. آنالیز RAPD ساده، سریع، ارزان و پیچیدگی کمتری نسبت به سایر روش های تیپ بندی مولکولی دارد. پرونده مقاله