فهرست مقالات شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

• دسترسی آزاد مقاله
  • صفحه چکیده
  • متن کامل
  
  1 - شبیه سازی برهمکنش آنزیم انتگراز HIV-I با مهارکننده‌های آن به کمک روش دینامیک مولکولی
  محمد رضا دایر
  طراحی و استفاده از مهارکنندگان آنزیمی علیه آنزیم‌های ویروسی یکی از راه‌های نوین و کارآمد در درمان بیماری‌های ویروسی است. این مهارکنندگان از طریق غیرفعال کردن آنزیم‌های حیاتی می‌توانند چرخه تکثیر ویروس‌ها را مختل و با محدود کردن جمعیت ویروس‌ها از انتشار عفونت‌های ویروسی چکیده کامل

  طراحی و استفاده از مهارکنندگان آنزیمی علیه آنزیم‌های ویروسی یکی از راه‌های نوین و کارآمد در درمان بیماری‌های ویروسی است. این مهارکنندگان از طریق غیرفعال کردن آنزیم‌های حیاتی می‌توانند چرخه تکثیر ویروس‌ها را مختل و با محدود کردن جمعیت ویروس‌ها از انتشار عفونت‌های ویروسی جلوگیری کنند. در این زمینه آنزیم انتگراز ویروس HIV-I دارای اهمیت ویژه‌ای است. برای انتگراز سه مهارکننده مهم معرفی شده ‌است که عبارتند از، رالتگراویر، اِلویتگراویر و دولوتگراویر. در تحقیق حاضر و به‌منظور مطالعه مکانیسم مولکولی عملکرد این مهارکننده‌ها، ابتدا به‌کمک روش داکینگ هر کدام از مهارکننده‌ها در جایگاه مناسب روی آنزیم قرار داده شدند و پس از انتخاب بهترین حالت اتصال دارو در جایگاه فعال آنزیم، شبیه سازی به مدت 10 نانو ثانیه بر روی هر کدام از سیستم‌ها به‌طور جداگانه انجام شد. نتایج حاصل نشان داد که دولوتگراویر اثرات برجسته‌تری بر انتگراز اعمال می‌کند. این مهارکننده باعث کاهش انعطافپذیری پروتئین و به‌خصوص ناحیه ویژه لوپ در آنزیم انتگراز می‌گردد و این امر منجر به کاهش تمایل اتصال انتگراز به DNA ویروس می‌شود. بر اساس یافته‌های این تحقیق به‌نظر می‌رسد که ساختار دولوتگراویر می‌تواند مدل مناسبی برای طراحی داروهای کارآمدتر باشد. پرونده مقاله
• دسترسی آزاد مقاله
  • صفحه چکیده
  • متن کامل
  
  2 - مطالعه کمّی فعالیت- ساختار، داکینگ و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید به عنوان عامل‌های ضد سل جدید
  قاسم قاسمی بابک مطهری ربابه صیادی کردآبادی
  هدف: عامل سل، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس است. یک‌سری از ترکیبات جدید هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید، به عنوان بازدارنده‌های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس گزارش شده‌اند. در این راستا، هدف پژوهش حاضر مطالعه QSAR، داکینگ و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نی چکیده کامل

  هدف: عامل سل، مایکوباکتریوم توبرکلوزیس است. یک‌سری از ترکیبات جدید هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید، به عنوان بازدارنده‌های مایکوباکتریوم توبرکلوزیس گزارش شده‌اند. در این راستا، هدف پژوهش حاضر مطالعه QSAR، داکینگ و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی تعدادی از ترکیبات هتروسیکل شامل نیتروژن اکسید به عنوان عامل‌های ضد سل جدید است.مواد و روش‌ها: الگوریتم رقابت استعماری، PLS، PCR، LASSO و شبیه‌سازی مونته کارلو در محاسبات QSAR انجام گردید. همچنین محاسبات داکینگ و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی میتوباکتریوم توبرکلوزیس با کد 4XGQ انجام شده است.یافته‌ها: جرم‌های‌ اتمی، الکترونگانیویتی اتمی ساندرسون، شاخص Ghose–Viswanadhan-Wendoloski hyptonic-like و شاخص Ghose–Viswanadhan-Wendoloski antiinfective-like در این بررسی مهم بودند. در برنامه کورال سی، از فایل اسمایل استفاده شد. RMSE برای آموزش و تست در الگوریتم رقابت استعماری، به ترتیب 1395/0 و 2970/0 بودند. در روش مونته کارلو نتایج برای سری آموزش به‌صورت 7n=، 9931/0R²=، 9857/0 Q²=و 039/0 MAE=و برای سری تست به‌صورت 6n=، 9413/0R²=، 9107/0Q²=و 367/0 MAE=بدست آمد.نتیجه‌گیری: مولکول‌های 10 و 11 ترکیبات پایداری هستند که برای بررسی‌های بیشتر از جمله مطالعات آزمایشگاهی کلینیکی پیشنهاد می‌شوند. پرونده مقاله
• دسترسی آزاد مقاله
  • صفحه چکیده
  • متن کامل
  
  3 - مطالعه اثر وزن مولکولی پلی دی ال-لاکتیک اسید بر پارامترهای حافظه شکلی به کمک شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
  محمد امینی عباس منتظری
  پلیمرهای حافظه دار زیرمجموعه‌ای از مواد هوشمند هستند که می‌توانند شکل اولیه‌شان را بعد از تغییر شکل موقت بازیابی نمایند. این دسته از پلیمرها دارای کاربردهای فراوانی بوده و در سال های اخیر نظر بسیاری از صنایع (به‌خصوص پزشکی) را به خود جلب کرده‌اند. هدف اصلی این مطالعه، ب چکیده کامل

  پلیمرهای حافظه دار زیرمجموعه‌ای از مواد هوشمند هستند که می‌توانند شکل اولیه‌شان را بعد از تغییر شکل موقت بازیابی نمایند. این دسته از پلیمرها دارای کاربردهای فراوانی بوده و در سال های اخیر نظر بسیاری از صنایع (به‌خصوص پزشکی) را به خود جلب کرده‌اند. هدف اصلی این مطالعه، بررسی تأثیر وزن مولکولی بر پارامترهای مختلف حافظه شکلی پلیمر می‌باشد. علاوه بر این، مکانیزم های حاکم بر رفتار حافظه‌داری پلیمرها مورد مطالعه قرار می‌گیرد. محاسبه‌ی دمای انتقال شیشه ای و تأثیر این پارامتر بر رفتار حافظه شکلی پلیمر از دیگر اهداف این پژوهش می باشند. در این مطالعه، همه مدل‌ها با نرم‌افزار متریالز استودیو ساخته شده و تمامی شبیه‌سازی‌ها با استفاده از نرم‌افزار لمپس انجام شده است. طبق نتایج حاصل، دمای انتقال شیشه‌ای پلیمر با افزایش درجه پلیمریزاسیون افزایش می‌یابد. ادامه‌ی مطالعات در راستای دستیابی به ریزساختاری بهینه نشان داد که با افزایش وزن مولکولی از g/mol 36000 به g/mol108000، پارامتر تثبیت شکل از 90% به 94% افزایش می‌یابد. برخلاف تثبیت شکل، پارامتر بازیابی شکل روندی نزولی را با افزایش وزن مولکولی دنبال می‌کند. این روند کاهشی، ناشی از افزایش نسبت فاز ثابت به فاز بازگشت‌پذیر با افزایش وزن مولکولی پلیمر است. پرونده مقاله