-
دسترسی آزاد مقاله
1 - مطالعه مجازی تعیین مهارکننده های جدید آنزیم سورتاز آ در باکتری استافیلوکوکوس اورئوس
حسن صاحب جمعی مهرعلی محمودجانلومقدمه: مهار آنزیم‌های کلیدی در باکتری‌هایی که فشار تکاملی پایینی اعمال می‌کنند می‌تواند یک استراتژی توسعه دارویی برای مقاومت آنتی‌بیوتیکی باکتریایی باشد. سورتازآ یک ترانس پپتیداز است که به طور گسترده در مطالعات مهاری عفونت باکتریایی مورد استفاده قرار می گیرد. این آنزیم چکیده کاملمقدمه: مهار آنزیم‌های کلیدی در باکتری‌هایی که فشار تکاملی پایینی اعمال می‌کنند می‌تواند یک استراتژی توسعه دارویی برای مقاومت آنتی‌بیوتیکی باکتریایی باشد. سورتازآ یک ترانس پپتیداز است که به طور گسترده در مطالعات مهاری عفونت باکتریایی مورد استفاده قرار می گیرد. این آنزیم یک عملکرد کلیدی در تعاملات بین استافیلوکوکوس اورئوس و میزبان دارد و به عنوان یک هدف امیدوارکننده برای توسعه دارویی باکتری های مقاوم در نظر گرفته شده است. تا به امروز، برخی از مهارکننده‌های سورتازآ کشف شده‌اند که بیشتر آنها از ترکیبات فلاونوئیدی مانند مایرسیتین مشتق شده‌اند. هدف: از آنجایکه روش‌های محاسباتی برای نظارت بر رفتار مولکول‌های زیستی در سطح میکروسکوپی دقیق‌تر و مقرون به صرفه‌تر هستند، لذا در این تحقیق هدف ما اینست که با استفاده از روش های محاسباتی مولکول هایی مشابه اما با قدرت اتصال و مهاری بالاتر نسبت به مایرستین یافته شود. مواد و روش ها: در این مطالعه، ما از روش‌های محاسباتی مانند غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار، اتصال مولکولی و شبیه‌سازی MD بهره جستیم. رویکرد اتصال مولکولی برای درک برهم‌کنش‌های پروتئین- لیگاند و ثابت مهار از نظر میل ترکیبی مورد استفاده قرار گرفت. برای نظارت بر تغییرات ساختاری آنزیم Srt A ، از تکنیک شبیه سازی MD استفاده شد. پس از مطالعات شبیه‌سازی MD، رویکرد MM-PBSA برای تفسیر انرژی اتصال آزاد استفاده شد. نتایج: ابتدا کتابخانه شیمیایی Chemspider را به روش جستجوی مشابه که در آن مایرسیتین به عنوان مولکول مرجع قرار داده شد، غربال گردید. مرحله دوم غربالگری با استفاده از نرم افزار PyRx صورت گرفت بطوریکه 10 ترکیب برتر بر اساس پتانسیل بازدارندگی آنها از مجموعه لیگاندهای حاصل از مرحله قبل به دقت انتخاب شدند. این ترکیبات در معرض Autodock4.2 برای داکینگ مولکولی قرار گرفتند. که در نتیجه آن مشاهده گردید که ترکیب Chemspider ID=73945561 از قدرت مهاری بالاتری نسبت به مایرستین برخوردار است. برای بررسی پایداری و کارایی حالت اتصال لیگاند، Srt A آزاد، کمپلکس‌های آن با مایرستین و بهترین ترکیب منتخب، تحت شبیه‌سازی دینامیک مولکولیns 50 قرار گرفتند. نتایج شبیه‌سازی MD نشان داد که ترکیب 73945561 پروفایل‌ها و برهمکنش اتصال بهتری نسبت به مایرستین به‌عنوان یک بازدارنده مرجع دارد، و رفتار ناپایدار پیوسته در کمپلکس داکینگ مشاهده شد. نتیجه گیری: در مجموع، ترکیب 73945561 ممکن است به عنوان یک بازدارنده جدید عمل کند یا دارای داربستی برای بهینه سازی بیشتر به سمت طراحی مهارکننده های SortA قوی تر باشد. پیشنهاد می گردد که توسعه این مهارکننده می تواند یک استراتژی اساسی برای مهار باکتریهای مقاوم باشد. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
2 - Investigating the Interaction between SSRI Drugs and Human Serum Albumin: Unraveling the Key Players in Antidepressant Delivery
Vajagathali Mohammed Nikitha Shalom RichardAntidepressant drugs are medications used to treat various types of depressive disorders. They work by altering the balance of chemicals in the brain called neurotransmitters, which are involved in regulating mood. Selective Serotonin Reuptake Inhibitor (SSRI) is a clas چکیده کاملAntidepressant drugs are medications used to treat various types of depressive disorders. They work by altering the balance of chemicals in the brain called neurotransmitters, which are involved in regulating mood. Selective Serotonin Reuptake Inhibitor (SSRI) is a class of antidepressant drugs that specifically target the neurotransmitter serotonin in the brain. They work by blocking the reuptake of serotonin, which increases the concentration of serotonin in the synaptic gap between neurons. HSA plays a crucial role as a transport protein, facilitating the delivery of hormones and various other ligands to their specific destinations within the body. The interaction of SSRI drugs with HSA and their binding mechanism in the HSA-SSRI system has not been extensively studied so far. The primary objective of this study is to investigate the binding affinity (BA) of SSRI drugs with HSA and identify the amino acids that bind to the antidepressant drug. The HSA protein structure (PDB ID: 1AO6) has been downloaded from the Protein Data Bank, and the SSRI antidepressant drugs structure were generated using ChemDraw. Our docking results showed that the SSRI drugs had a significant binding affinity (BA) (more negative than -5.0) with the HSA protein. Among them, the highest BA was found with vilazodone (-8.6), and the lowest BA was observed with escitalopram (-6.1). This suggests that SSRI drugs can bind to the HSA protein, potentially facilitating their transport through the bloodstream. HSA binding can also influence the drug's free concentration, which is the active form available for interaction with its target receptors in the brain. پرونده مقاله -
دسترسی آزاد مقاله
3 - Synthesis, Evaluation of New Imidazolidin-4-one and Thiazolidine -4- one compound on Insulin in the Serum of Type 1 Diabetes Albino Rats
Laith G. Atiya Omar M. Yahya Salim J. MohammedThis paper includes the synthesis of new imidazolidine-4-one and thiazolidine-4-one derivatives derived from 4-(2,4-dichlorophenoxy) butyric acid (1) by multistep reaction, the first step synthesis ester (2) by the esterification reaction of 4-(2,4-dichlorophenoxy) buty چکیده کاملThis paper includes the synthesis of new imidazolidine-4-one and thiazolidine-4-one derivatives derived from 4-(2,4-dichlorophenoxy) butyric acid (1) by multistep reaction, the first step synthesis ester (2) by the esterification reaction of 4-(2,4-dichlorophenoxy) butyric acid with ethanol in the presence of sulfuric acid. Ester namely ethyl 4-(2,4-dichlorophenoxy) butanoate (2) was converted to the corresponding 4-(2,4-dichloro phenoxy)butane hydrazide (3) by reaction with hydrazine hydrate after those hydrazones (4a-f) derivatives were obtained by the reaction of carboxylic acid hydrazide (3) with various substituted aromatic aldehydes, this hydrazone were used to synthesize some new heterocyclic compounds by the hydrazones (4a-f) with Phenyl Alanine and thioglycolic acid to prepare imidazolidine-4-one(5a-e) and thiazolidine-4-one (6a-d) compounds respectively. The molecular docking study was carried out with the essential enzyme Insulin (PDB 1i144) responsible for Diabetes, suggesting that (4a-e) are the most active derivatives of the series that is responsible for diabetes, for some of the compounds that were prepared in this study. It was found that compounds (4a-e) are the most active derivatives. All newly synthesized compounds in this study were confirmed by physical and spectral (FT-IR, 1H NMR, and 13C NMR) analysis. پرونده مقاله
سکوی نشر دانش
سند یا سکوی نشر دانش ،سامانه ای جهت مدیریت حوزه علمی و پژوهشی نشریات دانشگاه آزاد می باشد
پیوندهای سایت
مراکز مرتبط
پشتیبانی
صفحات رسمی
حقوق این وب‌سایت متعلق به سامانه مدیریت نشریات دانشگاه آزاد اسلامی است.
حق نشر © 1403-1400