بررسی پلی مورفیسم نشانگرهای ریزماهواره بز مرخز DOR: 20.1001.1.17359880.1399.14.1.2.5

محورهای موضوعی : مجله پلاسما و نشانگرهای زیستی

سجاد بادبرین ¹ , رضا سید شریفی ² , حسن خمیس آبادی ³ , جواد احمدپناه ⁴

1 - عضو هیات علمی مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان کرمانشاه
2 - هیات علمی گروه علوم دامی دانشگاه محقق اردبیلی
3 - عضو هیات علمی مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان کرمانشاه
4 - عضو هیات علمی مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان کرمانشاه

تاریخ دریافت : 1398/09/15 تاریخ پذیرش : 1399/09/30 تاریخ انتشار : 1399/10/01

کلید واژه: بز مرخز, نشانگرهای ریزماهواره, ساختار ژنتیکی,

چکیده مقاله :

استفاده از نشانگرهای مولکولی و به ویژه نشانگرهای ریزماهواره به دلیل ویژگی‌های برتر آنها اطلاعات بسیار ارزشمندی از ساختار ژنتیکی موجود مورد مطالعه را فراهم می‌کند. این اطلاعات می‌تواند جهت حفاظت از موجود در خطر انقراض و یا بررسی مکان ژن‌های تاثیر گذار بر صفات کمی (QTL) مورد استفاده قرار گیرد. هدف از این پژوهش تأکید بر اهمیت نشانگرهای ریزماهواره برای مطالعات تنوع ژنتیکی در بز مرخز و استفاده از آنها در استراتژی های حفاظت است.در این مطالعه از 240 بز مرخز در استان کردستان به صورت تصادفی خونگیری شد. استخراج DNA از نمونه خون کامل و به روش نمکی انجام گرفت. سپس با استفاده از واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) تنوع ژنتیکی 30 نشانگر ریزماهواره مورد بررسی قرار گرفت. آلل‌های هر فرد با استفاده از روش رنگ آمیزی نیترات نقره نمایان شد. پارامترهای ژنتیکی مربوط به ساختار ژنتیکی بز مرخز با استفاده از نرم افراز POPGENE محاسبه شد.بجز نشانگر INRA040، تمام نشانگرهای استفاده شده به خوبی تکثیر شدند. از میان نشانگرهای تکثیر شده، نشانگر MCM136 چند شکلی پایینی نشان داد اما دیگر نشانگرها چندشکلی بالایی داشتند. نشانگرهای ILSTS030 با 6 آلل و نشانگر MCM136 با 3 آلل به ترتیب بیشترین و کمترین تعداد آلل را تولید کردند. نشانگر ILSTS030 (7504/0) بیشترین و نشانگر MCM136(0158/0) کمترین میزان هتروزیگوسیتی مورد انتظار را نشان دادند.به نظر می‌رسد نشانگرهای ریزماهواره ابزاری مفید و قابل اعتماد برای شناسایی نژادهای بز است و استفاده از آنها می‌تواند راه حلی برای حفاظت از نژادهای در خطر انقراض باشد.

چکیده انگلیسی:

The use of molecular markers, especially microsatellite markers provides very valuable information about the existing genetic structure under study. This information can be used to protect an endangered species or to investigate the location of genes affecting quantitative traits (QTL). The purpose of this study was to emphasized the importance of microsatellite markers for the study of genetic diversity in Markhoz goats and their use in conservation strategies.In this study, blood samples were taken from 240 Markhz goats in Kurdistan province randomly. DNA extraction from whole blood samples was performed by salting out method. Then, the genetic diversity of 30 microsatellite markers was investigated using polymerase chain reaction (PCR). Alleles of each individual were identified using silver staining method. Genetic parameters related to the genetic structure of Markhoz goat were calculated using POPGENE software.Except for INRA040 marker, all markers used were well amplified. Among the amplified markers, MCM136 showed low polymorphism but other markers had high polymorphism. ILSTS030 markers with 6 alleles and MCM136 markers with 3 alleles produced the highest and lowest number of alleles, respectively. ILSTS030 marker showed the highest (0.7504) and MCM136 marker showed the lowest (0.0158) expected heterozygosity.Microsatellite markers seem to be a useful and reliable tool for identifying goat breeds and their use can be a solution to protect endangered breeds.

منابع و مأخذ:

منابع

 

1-رشیدی، ا.، امام جمعه، ن.، میرائی آشتیانی، س ر.، رحیمی، ش.، واعظ ترشیزی، و ر. ١٣٧٩. برآورد مؤلفه‌های واریانس-کواریانس و پارامترهای ژنتیکی صفات وزن بدن در بزهای مرخز. علوم کشاورزی ایران. ٣٠: 462-455.

2-سالاری، ا.، امیری نیا، س.، قره داغی، ع ا.، شیری، س ا.، خدرزاده، ص. 1389. بررسی تنوع ژنتیکی گوسفند کردی خراسان با استفاده از نشانگرهای ریز ماهواره. مجله دانش و پژوهش علوم دامی. 7: 17-11.

3-عسگری، ن.، محمدآبادی، م ر.، بیگی نصیری، م ت.، باقی زاده، ا.، فیاضی، ج. 1387. مطالعه تنوع ژنتیکی بز کرکی رائینی بر اساس نشانگرهای ریزماهواره. دانش کشاورزی. 18(4): 161-155.

4-محمدآبادی، م ر.، شهابی، ا.، نوشری، ع ر.، عسگری، ن.، دیانی، ا.، خضری، ا. 1390. مطالعه تنوع ژنتیکی بز سرخ جبال بارز با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره. نشریه علوم دامی ایران. 42(2): 131-125.

5-نژاد گشتی، م.، اسماعیل خانیان، س.، میرهادی، س ا.، همتی، و ب. 1384. بررسی تنوع ژنتیکی بز رائینی کرمان با استفاده از ١٠ جایگاه ریزماهواره‌ای. چهارمین همایش ملی بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران. کرمان.

6.An, ZW., Xie, LL., Cheng, H., Zhou, Y., Zhang, Q., He, XG., Huang, HS. (2009). A silver staining procedure for nucleic acids in polyacrylamide gels without fixation and pretreatment. Analytical Biochemistry, 391(1); 77-79.

7.Cano, EM., Marrube, G., Roldan, DL., Bidinost, F., Abad, M., Allain, D. (2007). QTL affecting fleece traits in Angora goats. Small Ruminant Research, 71; 158-164.

8.Chambers, GK., Macavoy, ES. (2000). Microsatellites: consensus and controversy. Comparative Biochemistry and Physiology, 126; 455-476.

9.De Araujo, AM., Guimaraes, SEF., Machado, TMM. (2006). Genetic diversity between herds of Alpine and Saanen dairy goats and the naturalized Brazilian moxoto breed. Genetic and Molecular Biology, 29; 67-74.

10.FAO. (2000). Conserving and developing farm animal diversity. In State of the world animal genetic resources. http://www. fao.org/ news/ 2000/ 001201-e.htm.

11.Geldermann, H. (1975). Investigation on inheritance of quantitative character in animals by gene markers. Theoretical and Applied Genetics, 46; 319-330.

12.Henderson, CR. (1975). Best linear unbiased estimation and prediction under a selection model. Biometrics, 31; 423-447.

13.Luis, A., Salazar, M., Hirata, H., Cavalli, AS., Machado, MO., Rosario, DC. (1998). Optimized Procedure for DNA isolation from fresh and cryopreserved clotted human blood useful in clinical molecular testing. Clinical Chemistry, 44; 1748-1750.

14.Mahmoudi, B., Daliri, M., Babayev, MS., Sadeghi, R. (2009). Genetic analysis of markhoz goats based on micro satellite markers. Journal of Animal and Veterinary Advances, 8(9); 1815-1815.

15.Martinez, AM., Acosta, J., Vegapla, JL., Delgado, JV. (2006). Analysis of the genetic structure of the canary goat populations using

microsatellites. Small Ruminant Research, 57; 249-255.

16.Nomura, K., Yonezawa, T., Mano, S., Kawakami, S., Shedlock, AM., Hasegawa, M. (2013). Domestication Process of the goat revealed by an analysis of the nearly complete mitochondrial protein-encoding genes. Proceedings of the National Academy of

Sciences of the United States of America, 105(46); 17659-64.

17.Sadeghi, R., Mahmoudi, B., Babayev, BS., Rameshknia, Y., Daliri, M. (2009). Genetic analysis in Tali goats based on 13 microsatellite markers. Research Journal of Biological Sciences, 4(6); 734-737.

18.Samuel, M., Lu, M., Pachuk, CJ., Satishchandran, C. (2003). A spectrophotometric method to quantify linear DNA. Analytical Biochemistry, 313(2); 301-306.

19.Sheriff, O., Alemayehu, K. (2018). Genetic diversity studies using microsatellite markers and their contribution in supporting sustainable sheep breeding programs: A review. Cogent Food and Agriculture, 4; 1-9.

20.Visser, C., Van Marle-Koster, E., Bovenhuis, H., Crooijmans, RPMA. (2011). QTL for mohair traits in South African Angora goats. Small Ruminant Research, 100; 8-14.

21.Wang, GZ., Chen, SS., Chao, TL., Ji, ZB., Hou, L., Qin, ZJ., Wang, JM. (2017). Analysis of genetic diversity of Chinese dairy goats via microsatellite markers. Journal of Animal Science, 95(5); 2304-2313