بررسی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در استان بوشهر
محورهای موضوعی : گیاه پزشکی
طاهره زیارتی
1
(
گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد جهرم، دانشگاه آزاد اسلامی، جهرم، ایران
)
کاوس ایازپور
2
(
;گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد جهرم، دانشگاه آزاد اسلامی، جهرم، ایران
)
کلید واژه: استخراج دی ان ای, آنالیز فیلوژنتیکی, توالی یابی, بوشهر, مگا6,
چکیده مقاله :
گوجه‌فرنگی یکی از سبزیجات مهم و بیماری پیچیدگی برگ زرد گوجه‌فرنگی از مهمترین بیماریهای گوجه‌فرنگی در سراسر دنیاست. طی فصل‌های زمستان 1391 و بهار 1392، به منظور بررسی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در استان بوشهر از مزارع کشت گوجه فرنگی واقع در شهرستانهای تنگ ارم، دشتستان و چند بخش مربوط به آن از گیاهان مشکوک به آلودگی نمونه برداری شد. پس از استخراج DNA، واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای sense و antisense منجر به تکثیر قطعه‌ای با اندازه تقریبی550 جفت باز از ژن پروتئین پوششی و حرکتی ویروس شد. محصول واکنش زنجیره ای پلی مراز متعلق به سه جدایه، برای تعیین ترادف انتخاب و به کره ارسال شدند. ژن‌های توالی یابی شده در بانک ژن جهانی ثبت گردیدند. تجزیه داده ها نیز به دنبال همردیف سازی آنها با بانک ژن جهانی با استفاده از نرم افزار clustalw انجام و درخت فیلوژنتیکی حاصل با نرم افزار mega6 با 1000 bootstrap ترسیم گردید. آنالیز های فیلوژنتیکی نشان داد که جدایه‌های مورد بررسی در دو گروه جداگانه A و B قرار گرفتند. در این تقسیم بندی در گروه A جدایه های دشتستان (KP635447) و تنگ ارم (KP635448) به جدایه های مورد بررسی در کشورهای دیگر از جمله چین (AY594194) و ونزوئلا (EF625895) و به جدایه های مورد بررسی در داخل کشور از جمله شیراز (GU076444) و تهران (KC106648، KC582150) نزدیک بودند. در گروه B جدایه‌ای دیگر از دشتستان (KP635446) به جدایه‌های کشورهای عربی از جمله عربستان (HM590558)، عمان (KF229721، KF229725) و به جدایه داخلی جیرفت (GU076450) نزدیک می‌باشد. نتایج حاصل نشان می‌دهد که ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در ایران و همچنین در یک منطقه (دشتستان) دارای تنوع ژنتیکی بوده و برای تعیین وجود نژادهای نوترکیب جدید نیاز به تحقیقات بیشتری بر روی جدایه های ایرانی می‌باشد. همچنین علائم متفاوتی با توجه به نوع رقم میزبان، منطقه جمع آوری نمونه و همچنین آلوده شدن گیاه در زمان های متفاوت ایجاد می کنند.
Tomato is one of the most important vegetables and Tomato Yellow Leaf Curl Virus (TYLCV) is one of the most important viral disease of tomato in worldwide. In order to study the situation of TYLCV in Bushehr province, sampling of tomato plants with symptoms of virus was done during winter and spring of 2013. Samples were collected from farms of Tang Eram and Dashtestan areas. After DNA extraction , a part of coat protein gene (about 550 pb) was amplified using specific primers. Amplified segments were separated via electrophoresis and sequenced. For comparison and phylogenetic analysis, the sequences Blasted in Gene bank and using CLUSTALW and Mega4 software the phylogenetic tree was drawn via maximum parsimony method. TYLCV Phylogenetic analysis showed that all isolates were divided into two clades named as A and B. In clade A isolates of Dashtestan (KP635447) and Tang Eram (KP635448) were closed to isolates of China (AY594194) and Venezuela (EF625895) and some Iranian isolates including GU076444 from (Shiraz), KC106648 and KC 582150 from (Tehran). In clade B another isolates of this study from Dashtestan was closed to Arabic countries isolates including HM590558 from Saudi Arabia, KF229721 and KF229725 from Ammanand Iranian isolates of GU076450 from Jirof. Results showed variation among Bushehr province. Due to the results of this study can conclude that there is variation among isolates of Bushehr province and requires further studies on the existence of recombinant strains in Iranian samples.
_||_
