PCR-DGGE : روشی نوین در دنیای میکروبیولوژی
محورهای موضوعی : میکروب شناسی
آروین توکلی
1
(گروه زیست شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه الزهرا، تهران، ایران)
کلید واژه: PCR-DGGE, میکروبیولوژی, تکنیک های مولکولی,
چکیده مقاله :
PCR-DGGE یکی از روشهای مولکولی نوین میباشد که در ابتدا برای کشف پلی مورفیسم DNA ابداع شد. این تکنیک قطعات هم اندازهDNA را بر اساس اختلاف توالی جدا میکند. در حال حاضر این تکنیک در حوزه های مختلف علم میکروبیولوژی مانند میکروبیولوژی پزشکی، میکروبیولوژی غذایی و میکروبیولوژی صنعتی به کار میرود. در این روش پس از استخراج DNA از نمونه مورد نظر، DNA به کمک پرایمرهای یونیورسال از طریقPCR تکثیر میشود. سپس محصولPCR که حاوی قطعات هم اندازه ی DNA میباشد، بر روی ژل DGGE که حاوی شیبی از مواد دناتوره کننده (اوره و فرم آمید) است، قرار میگیرد و الکتروفورز انجام میشود DGGE . DNA ی باکتریهای مختلف را تفکیک میکند که میتوانند برای آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گیرند. علی رغم وجود برخی محدودیت ها مانند محدودیت در سایز توالی مورد استفاده، PCR-DGGE میتواند به عنوان یک تکنیک سریع و کارآمد برای اهداف بسیاری در میکروبیولوژی مورد استفاده قرار گیرد. در این مطالعه ضمن معرفی اجمالی این تکنیک، مزایا و محدودیت های آنرا در تحقیقات میکروبیولوژی مورد بررسی قرار میدهیم.
PCR-DGGE is one of the newest molecular methods. This technique separates co-size DNA fragments based on sequence differences and was originally devised to discover DNA polymorphism. PCR-DGGE uses in different fields of microbiology Such as medical microbiology, food microbiology and industrial microbiology. In this method, after DNA extraction from the specimen, DNA is amplified by universal primers through PCR. Subsequently, the PCR is loaded on the DGGE gel containing denaturing gradient of urea and formamide and the electrophoresis is performed. The DGGE separates the DNA fragments that belong to different bacteria, which can be used for further analysis. Despite of some limitation such as length limit of considered DNA fragment, the PCR-DGGE technique can be used as a fast and efficient technique for many purposes in microbiology. In this study, following the introducing of PCR-DGGE method, we are going to investigate the advantages and limitations of this technique in microbiological research.
_||_
