بکارگیری روش HRM در شناسایی و تفریق جدایه‌های ایرانی ویروس بیماری نیوکاسل از سویه‌های واکسینال
محورهای موضوعی : پاتوبیولوژی مقایسه ای
شهداد دیبازر ، نریمان شیخی ، فرهید همت زاده ، سعید چرخکار ، سیدعلی پوربخش .
1
(
)
کلید واژه: آنالیز HRM, ویروس بیماری نیوکاسل, ویروس واکسن, تفکیک, پرایمر,
چکیده مقاله :
برای کنترل همه‌گیری‌ها لازم است تا حضور ویروس‌های حاد از واکسن در کمترین زمان ممکن و با بیشترین دقت تشخیص داده شود. هدف از این مطالعه، بکارگیری روش HRM (High-Resolution Melting-Curve Analysis) در شناسایی و تفریق جدایه‌های بومی ویروس بیماری نیوکاسل از سویه‌های واکسن بود. در این مطالعه 5 جدایه حادNDV همراه با 6 نمونه از واکسن‌های نیوکاسل موجود در بازار ایران مورد استفاده قرار گرفتند. بر اساس توالی نوکلئوتیدی ژن F، 8 جفت پرایمر ( HA ) برای آنالیز HRM طراحی و ساخته شدند. در مرحله نخست 2 ویروس واکسن و یک ویروس حاد با هر 8 جفت پرایمر آنالیز شدند. بر اساس نتایج حاصله، در مرحله بعد 3 جفت پرایمر از بین آنها انتخاب و تمام ویروسها مورد بررسی قرار گرفتند. با استفاده از نرم‌افزار، الگوهای بدست آمده از ویروس‌های وحشی با الگوهای حاصل از واکسن مقایسه شدند. با استفاده از جفت پرایمرهای A، B، C، F و H دمای ذوب سویه‌های واکسن بالاتر از جدایه‌های حاد به دست آمد، اما با پرایمرهای D، E و G این حالت دیده نشد. بر اساس آنالیز منحنی‌های HRM در این مطالعه، جفت پرایمرهای B و H توانستند بهتر از سایرجفت پرایمرها سویه‌های واکسن را از یکدیگر و از جدایه حاد تفکیک کنند. براساس یافته‌های حاصل از این مطالعه می‌توان نتیجه گرفت که با استفاده از آنالیز HRM و انتخاب پرایمرهای مناسب می‌توان در مدت زمان کوتاه و با دقت بالا در مقایسه با سایر روش‌های رایج قبلی نظیر انجام آزمایش‌های تعیین شاخص‌های بیماری‌زایی، آزمون RT-PCR و تعیین توالی نوکلئوتیدی اقدام به تفکیک و تعیین حدت ویروس‌های نیوکاسل و تشخیص ویروس‌های حاد از ویروس‌های واکسن کرد
To control of outbreaks caused Newcastle disease, it is necessary to distinguish virulent virusesfrom vaccine strains, in minimum possible time and with high accuracy. The aim of this studywas using High-Resolution Melting-Curve Analysis (HRM) for detection and differentiation ofIranian Newcastle disease virus (NDVs) isolates from vaccine strains. In this study, 5 virulentisolates along with 2 vaccine strains, including B1 and Lasota were used. Based on thenucleotide sequence of F gene, 8 primers (A - H) were designed for the analysis of HRM. At thefirst stage, one virulent and 2 vaccine virus was analyzed by 8 primer pairs. Based on thepreliminary results of both RT-PCR HRM, 3 sets of the primers have been selected for finaltesting of the samples. The patterns obtained from wild viruses were compared with vaccinegroup. The melting temperatures for vaccine strains were higher than virulent isolates by A, B,C, F and H primer pairs; despite D, E and G. In this study, B and H primer pairs could separatevaccine strains from each other and from virulent isolates, better than other primers. Based onthese results, HRM analysis and correct primer selection can determinate and differentiatevirulent NDVs from vaccine strains. This technique is able to do this in short time and with highaccuracy in comparison with previous conventional approaches such as pathogenicity indicestests, RT-PCR and nucleotide sequencing.
