سنجش کارایی آزمون های فنوتیپی و روش rep-PCR در تفکیک جغرافیایی سویه های عامل لکه قهوه ای قارچ خوراکی، Pseudomonas tolaasii، در استان فارس

محورهای موضوعی : دو فصلنامه تحقیقات بیماریهای گیاهی

گیلدا نجفی پور ¹ , کاووس ایازپور ²

1 - گروه گیاهپزشکی دانشگاه آزاد اسلامی واحد جهرم
2 - گروه گیاهپزشکی دانشگاه آزاد اسلامی واحد جهرم

تاریخ دریافت : 1402/12/08 تاریخ پذیرش : 1403/03/23 تاریخ انتشار : 1403/03/01

کلید واژه: استان فارس, Rep-PCR, Pseudomonas tolaasii, لکه قهوه ای قارچ خوراکی,

چکیده مقاله :

عامل لکه قهوه ای قارچ خوراکی (Brown Blotch ) Pseudomonas tolaasii است که در بسیاری از نقاط دنیا مشاهده می شود. طی سال های 96 و97 از سالن های پرورش قارچ در مناطق مختلف استان فارس (جهرم، شیراز، لار، سپیدان، کازرون، نی‌ریز و آباده) نمونه برداری و به آزمایشگاه منتقل شد. در مجموع 100 جدایه از مناطق مذکور بدست آمد. کلیه ی جدایه ها به منظور بررسی خصوصیات فیزیولوژیکی، بیوشیمیایی و تغذیه ای و نیز وجود ژن تولاسین با استفاده از آغازگرهای اختصاصی PT1A وPT1D1 مورد بررسی قرار گرفتند. سویه های مورد بررسی میله ای شکل، گرم منفی و هوازی اجباری بوده و آزمون های اکسیداز و آرژنین دی هیدرولاز آنها مثبت بود. همچنین توانایی لهانیدن ورقه های سیب زمینی، تولید لوان، هیدرولیز نشاسته و فوق حساسیت روی توتون (HR) برای کلیه جدایه ها منفی ارزیابی شد. در بررسی تنوع ژنوتیپی باکتری، با استفاده از روشrep-PCR مشخص شد که با استفاده از آغازگرهای مذکور، جدایه های مناطق مختلف استان فارس به شش یا هفت گروه متمایز تقسیم می شوند. کلاسترهای ایجاد شده در بسیاری موارد، با پراکنش جغرافیایی جدایه ها هماهنگی نسبی داشت. نتایج نشان داد آزمونrep-PCR بوسیله ی هر یک از آغازگرهای سه گانه یREP ، ERIC وBOX بطور انفرادی می تواند بطور مشخصی جدایه های مناطق مختلف استان را بر اساس منطقه جغرافیایی از یکدیگر تفکیک نماید. همچنین مقایسه بین گروه های ایجاد شده بر اساس آزمون بیماریزایی روی قارچ دکمه ای و کلاسترهای ایجاد شده در آزمون rep-PCR نشان داد که کلاسترهای ایجاد شده در آزمون rep-PCR بر اساس بیماریزایی با یکدیگر هماهنگ می باشند.

چکیده انگلیسی:

Brown Blotch in mushroom, caused by Pseudomonas tolaasii can be seen in many mushroom farms. This disease causes dark brown or chocolate spots on the cap and base, eventually reducing the quality and quantity of mushrooms produced. During 2017- 2018, samples were collected and transported in plastic bags to the laboratory. A total of 100 gram-negative isolates were initially identified as Pseudomonas tolaasii on nutrient agar. All isolates were studied for physiological, biochemical, and nutritional characterization, as well as for the presence of the tolaasin gene using specific primers, PT1D1 and PT1A. All strains were rod-shaped, Gram-negative, obligate aerobic, were positive for oxidase, and arginine dehydrolase. This isolates produced fluorescent pigment on KB medium. Levan production, hydrolyze starch were positive and tobacco hypersensitive reaction (HR) was assessed negative in all isolates. In this study rep-PCR method was used for evaluating of geographical diversity of P. tolaasii. Three primers, consist of BOX, ERIC, and REP primers, were used. The results showed that using these primers, the isolates from different regions of Fars province were divided into six or seven distinct groups. Clusters created based on geographical distribution showed relative similarity among the isolates. rep-PCR results revealed that both REP, ERIC, and BOX primers individually were largely acceptable, and isolates from different places were separated according to geographical area. Comparisons between groups were also made based on a pathogenicity test on mushroom’s cap, and clusters created by the rep-PCR showed synchronization based on pathogenicity.