تایپینگ مولکولی سویه های اسینتوباکتر بامانی جدا شده از عفونت های خون با روش ترادف یابی چند جایگاهی (MLST)

محورهای موضوعی : میکروب شناسی مولکولی

زهره محمدی ¹ , حسن ممتاز ²

1 - کارشناس ارشد، گروه میکروب شناسی، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد
2 - استاد، گروه میکروب شناسی، واحد شهرکرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد

تاریخ دریافت : 1395/07/07 تاریخ پذیرش : 1395/09/14 تاریخ انتشار : 1396/06/01

کلید واژه: اسینتوباکتر بامانی, ژن های خانه دار, کلون های ژنتیکی, تایپینگ ترادف یابی چند جایگاهی, عفونت خون,

چکیده مقاله :

سابقه و هدف: اسینتوباکتر بامانی یک کوکوباسیل گرم منفی است که در طبیعت انتشار وسیعی داشته و به عنوان یکی از عوامل مهم عفونت های بیمارستانی محسوب می شود. مطالعه حاضر با هدف تعیین الگوی ژنتیکی جدایه های اسینتوباکتر بامانی جدا شده از عفونت های خون به روش تایپینگ ترادف یابی چند جایگاهی (MLST) انجام شد. مواد و روش ها: در این مطالعه مقطعی، تعداد 36 جدایه اسینتوباکتر بامانی از عفونت های خونی بیماران بیمارستان های پیامبران و بقیه اله (عج) در تهران جداسازی شدند. سپس محصول PCR مربوط به تکثیر 7 ژن خانه دار توالی یابی گردید. توالی های نوکلئوتیدی تعیین شده از هر ژن در هر جدایه در بانک اطلاعاتی MLST آنالیز و علاوه بر تعیین آلل های هر ژن، کلون های مربوط به تمامی جدایه ها تعیین گردید. یافته ها: در مجموع 5 کلون ST25، ST136، ST307، ST327 و ST328 در 36 جدایه شناخته شد. ST مربوط به دو جدایه با اطلاعات مربوط در سایت MLST شناسایی نگردید. ST های تعیین شده در 5 خوشه ژنتیکی A تا E قرار گرفتند. نتیجه گیری: شناسایی میزان قابل قبولی از توع ژتیکی در بین جدایه ها با استفاده از تکنیک MLST نشان می دهد که این روش در مطالعه و تایپینگ جدایه های اسینتوباکتر بامانی روش مفیدی به حساب می آید. بنابراین، می توان جدایه های با منشاء متفاوت را در گروه های مختلف تقسیم بندی نمود.

چکیده انگلیسی:

Background & Objectives: Acinetobacter baumannii is a Gram-negative coccobacillus that is widely distributed in nature and considered as one of the important causes of hospital infections. The present study was conducted to genotype Acinetobacter baumannii strains isolated from blood infections using Multi Locus Sequence Typing (MLST) method. Materials & Methods: A total of 36 Acinetobacter baumannii strains were isolated from blood infection samples collected from Baqiatalah and Payambaran hospitals, Tehran, Iran. The PCR products obtained from amplification of seven housekeeping genes were sequenced. The nucleotide sequences of each gene in each isolate were queried against the reference sequence in the MLST database. In addition to characterization of the alleles specific to each gene, thesequence types (ST) of all isolates were determined. Results: A total of 5 clones including ST25, ST136, ST307, ST327, and ST328 were identified in 36 isolates. ST of 2 isolates were not identified in MLST database. The identified STs were placed into 5 genetic clusters including A, B, C, D, and E. Conclusion: Identifying an acceptable level of genetic diversity among the isolates using MLST technique shows that this method is useful for studying and typing of Acinetobacter baumannii isolates. Therefore, it is possible to cluster isolates with diverse origins in different groups.