List of Articles marker density

• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  1 - اثر معماری ژنتیکی مختلف بر صحت انتخاب ژنومی به کمک سه روش بیزی
  ف. علاء نوشهر س.ع. رأفت ر. ایمانی-نبئی ص. علیجانی ک. روبرت گرنیه
  ارزیابی ژنومی با استفاده از تعداد زیادی از چندشکلی­های تک نوکلئوتیدی (SNP) در سراسر ژنوم و ترکیب روش‌های آماری با داده­های ژنومی جهت پیش­بینی ارزش اصلاحی، قابل اجرا می­باشد. پیش­بینی ژنومی وابسته به وجود عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرهای ژنتیکی و QTLها More

  ارزیابی ژنومی با استفاده از تعداد زیادی از چندشکلی­های تک نوکلئوتیدی (SNP) در سراسر ژنوم و ترکیب روش‌های آماری با داده­های ژنومی جهت پیش­بینی ارزش اصلاحی، قابل اجرا می­باشد. پیش­بینی ژنومی وابسته به وجود عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرهای ژنتیکی و QTLها در جمعیت است. روش­هایی که به طور همزمان می­توانند اثر تمامی نشانگرها به کار بگیرند، سبب افزایش صحت پیش­بینی شده و در نتیجه بخش اعظم واریانس توسط این روش­ها قابل توصیف است. فرض بر این است که روش­های ژنومی به طور گسترده­ای توسط معماری ژنتیکی صفات و ژنوم تغییر می­کند. روش­های غیرخطی ژنومی شامل بیزA، بیزB و بیز LASSO، توسط شبیه­سازی با سه اندازه مؤثر جمعیت متفاوت (Ne) باهم مقایسه شدند. بنابراین ژنومی شامل 3 کروموزوم، هر کدام به طول 100 سانتی­مورگان شبیه­سازی شد. برای هر حیوان صفتی با وراثت­پذیری 5/0، سه سطح مختلف تراکم نشانگری (1000، 2000 و 3000) با سه سطح متفاوت تعداد QTL شامل 100، 200 و 300 فرض شد. داده­ها با دو توزیع متفات اثر QTL شامل توزیع یکنواخت و گاما (66/1=α و 4/0=β) شبیه سازی شدند. تراکم نشانگری، تعداد QTL و توزیع اثرات QTL به طور معنی­داری صحت ارزش اصلاحی ژنومی را در سطوح مختلف اندازه مؤثر جمعیت، تحت تأثیر قرار دادند (05/0>P). در مقایسه سه روش آماری، بیشترین میزان صحت ارزش اصلاحی ژنومی توسط روش بیز B در صفاتی با تعداد QTL پایین، تراکم نشانگری بالا، توزیع گاما اثر QTL و اندازه مؤثر جمعیت بالا حاصل شد. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  2 - مقایسه صحت ارزش های پیش بینی ژنومی درتراکم های مارکری و جمعیت های مرجع مختلف با استفاده از مدل BLUP برپایه اطلاعات شجره ای و ژنومی
  ش. برجسته غ.ر. داشاب م. رکوعی م.م. شریعتی م. وفای واله
  برای استفاده موفقیت­ آمیز از انتخاب ژنومی، تراکم مارکری و ساختار جمعیت مرجع بسیار تأثیرگذار خواهد بود. تحقیق حاضر به ­منظور مقایسه صحت پیش ­بینی ارزش­ های اصلاحی ژنومیکی در تراکم ­های مختلف نشانگری شامل پائین (K5)، متوسط (K50) و بالا (K777) در جمعیت More

  برای استفاده موفقیت­ آمیز از انتخاب ژنومی، تراکم مارکری و ساختار جمعیت مرجع بسیار تأثیرگذار خواهد بود. تحقیق حاضر به ­منظور مقایسه صحت پیش ­بینی ارزش­ های اصلاحی ژنومیکی در تراکم ­های مختلف نشانگری شامل پائین (K5)، متوسط (K50) و بالا (K777) در جمعیت شبیه ­سازی شده براساس سناریوهای مختلف انتخاب جمعیت­ مرجع بود. بعد از شبیه­ سازی ساختار جمعیت پایه (تحت تأثیر جهش و رانش) و جمعیت اخیر (تحت تأثیر انتخاب)، تعداد 800 حیوان در جمعیت مرجع قرار گرفتند. سه سناریو جهت کاهش تعداد جمعیت مرجع مورد استفاده قرار گرفت که شامل: 1) 400 حیوان با بیشترین رابطه خویشاوندی با جمعیت هدف، 2) 400 حیوان با بیشتر میزان همخونی، 3) 400 حیوان انتخاب شده به صورت تصادفی. ارزش اصلاحی ژنومی افراد برای صفات با دو سطح وراثت­پذیری (0.5 و 0.25) با استفاده از بهترین پیش­ بینی نااریب خطی (BLUP) با ترکیب ­های مختلفی از اطلاعات شجره­ای و ژنومی شامل، ABLUP که تنها از ماتریس روابط شجره­ای (A) استفاده نموده، GBLUP که تنها از ماتریس روابط ژنومی (G) استفاده نموده، و BLUP|GA که از ترکیب هر دو ماتریس A و G براساس یک پارامتر وزنی (l) استفاده می ­نماید، برآورد گردید. با افزایش l مدل پیش ­بینی از GBLUP (که l برابر صفر است) به ABLUP (که l برابر یک می ­باشد) تغییر می­ نماید. نتایج نشان داده که بدون توجه به اثرات تراکم پنل، استفاده از ماتریس G (l=0) و ماتریس A (l=1) به ترتیب بیشترین و کمترین مقادیر صحت پیش ­بینی را داشتند. با مقایسه سناریوهای مختلف انتخاب جمعیت مرجع نشان داده شد که استفاده از همه افراد در جمعیت مرجع منجر به بیشترین برآورد صحت ارزش ­های اصلاحی گردید (P<0.05). در مقابل استفاده از پنل­ های با تراکم کمتر به­ طور قابل ملاحظه ­ای صحت پیش ­بینی ارزش ­های اصلاحی را کاهش دادند. انتخاب افراد با روابط خویشاوندی ژنتیکی بالاتر جمعیت مرجع با هدف به ­طور معنی­ داری کاهش صحت پیش ­بینی ژنومی به علت اندازه جمعیت مرجع کوچک را بهبود بخشید. Manuscript profile
• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  3 - اثر تراکم نشانگری، تعداد QTL و وراثت‌پذیری صفت بر صحت انتخاب ژنومی
  ف. علاء نوشهر س.ع. رأفت ر. ایمانی-نبئی ص. علیجانی ک. روبرت گرنیه
  پیشرفت انتخاب ژنومی به طور گسترده­ای وابسته به وجود عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTLها، تعداد QTL و وراثت­پذیری صفت است. وجود عدم تعادل پیوستگی به ساختار ژنتیکی جمعیت و تراکم نشانگری بستگی دارد. این مطالعه جهت تخمین اثر تراکم نشانگر، وراثت­پذیری صفت و تع More

  پیشرفت انتخاب ژنومی به طور گسترده­ای وابسته به وجود عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTLها، تعداد QTL و وراثت­پذیری صفت است. وجود عدم تعادل پیوستگی به ساختار ژنتیکی جمعیت و تراکم نشانگری بستگی دارد. این مطالعه جهت تخمین اثر تراکم نشانگر، وراثت­پذیری صفت و تعداد QTL روی صحت ارزش­های اصلاحی ژنومی توسط دو روش آماری GBLUP و بیزA صورت پذیرفت. بنابراین سه صفت (تولید شیر، وزن لاشه و وزن بلوغ) به ترتیب با وراثت­پذیری 1/0، 3/0 و 5/0 با ژنومی شامل 3 کروموزوم، هر کدام به طول 100 سانتی­مورگان در گوسفند شبیه­سازی شد. سه سطح مختلف تراکم نشانگری (1000، 2000 و 3000) با سه سطح متفاوت تعداد QTL شامل 100، 200 و 300 در نظر گرفته شد. داده­ها با دو توزیع متفات اثر QTL شامل توزیع یکنواخت و گاما (66/1=α و 4/0=β) شبیه‌سازی شدند. تراکم نشانگری، تعداد QTL، توزیع اثرات QTL و سطوح مختلف وراثت­پذیری صفت به طور معنی­داری صحت ارزش اصلاحی ژنومی را تحت تأثیر قرار دادند (05/0>P). بیشترین میزان صحت ارزش اصلاحی ژنومی توسط روش بیزA در صفاتی با تعداد QTL پایین و توزیع گاما اثر QTL حاصل شد. بر اساس نتایج حاصل از این شبیه­سازی، وراثت­پذیری صفت همانند تراکم نشانگری می­تواند سبب افزایش عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTLها شود که این امر در اجرای موفق انتخاب ژنومی ضروری می­باشد. Manuscript profile