List of Articles Illumina Hiseq 2000

• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  1 - تعیین توالی ترانسکریپتوم گاو بومی گیلان در مقایسه با ژنوم مرجع bosTau4
  م. مریدی س.ح. حسینی‌مقدم س.ض. میرحسینی
  تعیین توالی RNA روش جدید تعیین خصوصیات ترانسکریپتوم موجودات زنده می­باشد. با در نظر گرفتن ماهیت نژادی و ارتباطات خویشاوندی، تنوع ژنتیکی گسترده­ای بین نژادهای مختلف گاو وجود دارد. هدف از مطالعه حاضر تعیین توالی ترانسکریپتوم گاو بومی گیلان و مقایسه آن با ژنوم مرجع More

  تعیین توالی RNA روش جدید تعیین خصوصیات ترانسکریپتوم موجودات زنده می­باشد. با در نظر گرفتن ماهیت نژادی و ارتباطات خویشاوندی، تنوع ژنتیکی گسترده­ای بین نژادهای مختلف گاو وجود دارد. هدف از مطالعه حاضر تعیین توالی ترانسکریپتوم گاو بومی گیلان و مقایسه آن با ژنوم مرجع موجود با استفاده از روش RNA-sequencing می­باشد. نمونه­های خون از 14 رأس گاو بومی گیلان جمع­آوری و با نسبت مشابه 3 میکروگرم به ازاء هر نمونه با یکدیگر ادغام شدند. توالی‌یابی نمونه ادغام شده توسط دستگاه Illumina Hiseq 2000 از هر دو جهت و با طول خوانش 100 جفت بازی انجام شد. از نرم­افزار TopHat2 جهت هم‌تراز کردن خوانش­ها با ژنوم مرجع و تشخیص جایگاه­های برش، حذف و اضافه­ توالی استفاده شد. از نرم­افزار Cufflinks جهت سرهم کردن ترانسکریپت­ها و محاسبه فراوانی آنها استفاده شد. تعداد کل قطعات RNA تعیین توالی شده 28434708 و نرخ کلی تطابق با ژنوم مرجع 4/87 درصد بدست آمد. تعداد کل ژن‌های بیان شده 24616 ژن بود که از این بین تعداد 19994 ژن کد کننده پروتئین و 3825 ژن غیر کد کننده پروتئین بودند. ژن‌های ATP6 (آدنوزین تری فسفات سنتاز 6) و RPLP1 (پروتئین ریبوزومی، بزرگ، P1) بالاترین فراوانی را در تمامی ژن‌های بیان شده نشان دادند. اکثریت ژن‌های دارای بیان بالا در ساختار ریبوزومی و فعالیت­های ترجمه دخالت داشتند که به عنوان ژن‌های خانه­دار در نظر گرفته می­شوند. مطالعه حاضر گزارشی از تعیین توالی ترانسکریپتوم گاو بومی گیلان می­باشد که تا به حال گزارش نشده است. با توجه به این که گاو بومی گیلان بزرگ­ترین جمعیت را در میان جمعیت­های گاو بومی ایران دارا می‌باشد، این قبیل مطالعات می­توانند به ارزیابی پتانسیل ژنتیکی این ذخیره ژنتیکی با ارزش در ناحیه غرب آسیا کمک کند. Manuscript profile