List of Articles ‌ تراکم نشانگری

• Open Access Article
  • Abstract Page
  • Full-Text
  
  1 - مقایسه صحت ارزش های پیش بینی ژنومی درتراکم های مارکری و جمعیت های مرجع مختلف با استفاده از مدل BLUP برپایه اطلاعات شجره ای و ژنومی
  ش. برجسته غ.ر. داشاب م. رکوعی م.م. شریعتی م. وفای واله
  برای استفاده موفقیت­ آمیز از انتخاب ژنومی، تراکم مارکری و ساختار جمعیت مرجع بسیار تأثیرگذار خواهد بود. تحقیق حاضر به ­منظور مقایسه صحت پیش ­بینی ارزش­ های اصلاحی ژنومیکی در تراکم ­های مختلف نشانگری شامل پائین (K5)، متوسط (K50) و بالا (K777) در جمعیت More

  برای استفاده موفقیت­ آمیز از انتخاب ژنومی، تراکم مارکری و ساختار جمعیت مرجع بسیار تأثیرگذار خواهد بود. تحقیق حاضر به ­منظور مقایسه صحت پیش ­بینی ارزش­ های اصلاحی ژنومیکی در تراکم ­های مختلف نشانگری شامل پائین (K5)، متوسط (K50) و بالا (K777) در جمعیت شبیه ­سازی شده براساس سناریوهای مختلف انتخاب جمعیت­ مرجع بود. بعد از شبیه­ سازی ساختار جمعیت پایه (تحت تأثیر جهش و رانش) و جمعیت اخیر (تحت تأثیر انتخاب)، تعداد 800 حیوان در جمعیت مرجع قرار گرفتند. سه سناریو جهت کاهش تعداد جمعیت مرجع مورد استفاده قرار گرفت که شامل: 1) 400 حیوان با بیشترین رابطه خویشاوندی با جمعیت هدف، 2) 400 حیوان با بیشتر میزان همخونی، 3) 400 حیوان انتخاب شده به صورت تصادفی. ارزش اصلاحی ژنومی افراد برای صفات با دو سطح وراثت­پذیری (0.5 و 0.25) با استفاده از بهترین پیش­ بینی نااریب خطی (BLUP) با ترکیب ­های مختلفی از اطلاعات شجره­ای و ژنومی شامل، ABLUP که تنها از ماتریس روابط شجره­ای (A) استفاده نموده، GBLUP که تنها از ماتریس روابط ژنومی (G) استفاده نموده، و BLUP|GA که از ترکیب هر دو ماتریس A و G براساس یک پارامتر وزنی (l) استفاده می ­نماید، برآورد گردید. با افزایش l مدل پیش ­بینی از GBLUP (که l برابر صفر است) به ABLUP (که l برابر یک می ­باشد) تغییر می­ نماید. نتایج نشان داده که بدون توجه به اثرات تراکم پنل، استفاده از ماتریس G (l=0) و ماتریس A (l=1) به ترتیب بیشترین و کمترین مقادیر صحت پیش ­بینی را داشتند. با مقایسه سناریوهای مختلف انتخاب جمعیت مرجع نشان داده شد که استفاده از همه افراد در جمعیت مرجع منجر به بیشترین برآورد صحت ارزش ­های اصلاحی گردید (P<0.05). در مقابل استفاده از پنل­ های با تراکم کمتر به­ طور قابل ملاحظه ­ای صحت پیش ­بینی ارزش ­های اصلاحی را کاهش دادند. انتخاب افراد با روابط خویشاوندی ژنتیکی بالاتر جمعیت مرجع با هدف به ­طور معنی­ داری کاهش صحت پیش ­بینی ژنومی به علت اندازه جمعیت مرجع کوچک را بهبود بخشید. Manuscript profile