شناسایی گونه‌های Phomopsisروی چند گیاه زینتی و جنگلی در ایران بر اساس مشخصات ریخت-شناسی و مولکولی

Subject Areas : Journal of Ornamental Plants

سورنا باوند سوادکوهی ¹ , صفرعلی مهدیان ² , ولی الله بابایی زاد ³ , محمدعلی تاجیک قنبری ⁴

1 - کاشناسی ارشد گیاهپزشکی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران
2 - دانشیار گروه گیاهپزشکی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران
3 - دانشیار گروه گیاهپزشکی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران
4 - دانشیار گروه گیاهپزشکی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران

Received: 2018-11-14 Accepted : 2019-05-14 Published : 2019-09-01

Keywords: شناسایی مولکولی, شناسایی مورفولوژیکی, <i>Phomopsis</i>,

Abstract :

شبه جنس Phomopsis از جمله قارچ­های ناقص بیماریزای گیاهی است که گونه­های آن در نقاط مختلف دنیا میزبان­های متعددی همچون انگور، سویا، اقاقیا، ختمی، گاوپنبه و چندین گیاه دیگر دارند. در این بررسی از گیاهان ختمی (Alcea rosea)، گاوپنبه (Abutilon theophrasti)، بهیمه (Phanera purpurea) و اقاقیا (Robinia pseudoacacia var. Umbraculifera) مشکوک به آلودگی Phomopsis نمونه­برداری شد. پس از کشت نمونه­ها، جداسازی و خالص سازی جدایه­های قارچی انجام شد و خصوصیات ریخت­شناسی جدایه­های به­دست آمده مورد بررسی قرار گرفت. از بین جدایه­ها پنج جدایه به­عنوان نماینده انتخاب و DNA آن­ها استخراج شد. ناحیه ITS از DNA ریبوزومی و بخشی از ژن TEF تکثیر و توالی­یابی شدند. توالی نمونه­ها با توالی­های موجود در ژن بانک (NCBI) مقایسه شد. نتیجه نشان داد توالی جدایه‌های P1 از ختمی، P2 از گاوپنبه و P4 از اقاقیا بالاترین شباهت را با گونه Phomopsis malvacearum داشتند. توالی جدایه P3 از روی بهیمه بیشترین شباهت را با Phomopsis loropetaliو توالی جدایه P5 از روی اقاقیا بیشترین شباهت را با گونه Phomopsis theicolaنشان دادند. میانگین ابعاد پیکنیدهای تولید شده جدایه‌ها روی سه محیط کشت CDA، CMA و PDA بعد از 16 روز در جدایه‌های اقاقیا 256 × 85، گاوپنبه 230 × 68، ختمی 230 × 69 و بهیمه 193 × 47 میکرومتر اندازه‌گیری شد. مشخصات ریخت­شناسی و مولکولی گونه­های شناسایی شده با هم تطابق داشتند. این گونه­ها از ایران برای اولین بار گزارش می­شوند. علایم بیماری ناشی از Phomopsis بسته به میزبان­های مورد مطالعه و گونه­های مختلف به­صورت متفاوت مشاهده شد.

References:

Annesi, T., Luongo, L., Vitale, S., Galli, M. and Belisario, A. 2016. Characterization and pathogenicity of Phomopsis theicola anamorph of Diaporthe foeniculina causing stem and shoot cankers on sweet chestnut in Italy. Journal of Phytopathology, 164 (6): 412-416.

Babaeizad, V. and Sayari, M. 2012. Morphological and molecular identification of stem canker hibiscus in Iran. In: Proceedings of the 20^th Congress of Iranian Plant Protection, College of Agriculture, Shiraz University, p. 356.

Banihashemi, Z. and Javadi, A.R. 2009. Further investigation on the biology of Phomopsis cinerascens the cause of fig canker in Iran. Phytopathologia Mediterranea, 48: 454-460.

Barnett, H.L. and Hunter, B.B. 1998. Illustrated genera of imperfect fungi. 4^th ed. APS Press, USA.

Boerema, G.H., Gruyter, J., de Noordeloos, M.E. and Hamers, M.E.C. 2004. Phoma identification manual. Differentiation of specific and infra-specific taxa in culture. CABI Publishing.

Doyle, J.J. and Doyle, J.L. 1990. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, 12: 13-15.

Farr, D.F., Castlebury, L.A. and Rossman, A.Y. 2002. Morphological and molecular characterization of Phomopsis vaccinii and additional isolates of Phomopsis from blueberry and cranberry in the eastern United States. Mycologia, 94: 494-504.

Gomes, R.R., Glienke, C., Videira, S.I.R., Lombard, L., Groenewald, J.Z. and Crous, P.W. 2013. Diaporthe: A genus of endophytic, saprobic and plant pathogenic fungi. Persoonia, 31: 1-41.

Harrington, T.C., Steimel, J., Workneh, F. and Yang, X. B. 2000. Molecular identification of fungi associated with vascular discoloration of soybean in the north central United States. Plant Disease, 84: 83-89.

Hibbett, D.S. and Taylor, J.W. 2013. Fungal systematics: Is a new age of enlightenment at hand? Nature Reviews, Microbiology, 11: 129-133.

Jurkovic, D.K., Vrandecic, K., Cosic, J., Riccioni, L. and Duvnjak, T. 2007. Morphological identification of Diaporthe/Phomopsis sp. Isolated from Xanthium italicum. Poljoprivreda, 13 (2): 10-14.

Mirabolfathi, M., Hoseinian, L. and Moghadam, A.M. 2013. First report of Phomopsis amygdali (DEL.) Tuset Portilla causing galls on common hazel (Corylus avellana) twigs in Iran. Iranian Journal of Plant Pathology, 49: 43-45.

Mousavi, H., Babaeizad, V. and Sayari, M. 2012. Incidence of stem canker caused by Phomopsis longicola in Iran. In: Proceedings of the 20^th Congress of Iranian Plant Protection, College of Agriculture, Shiraz University, Iran. p. 355.

Rehner, S.A. and Buckley, E. 2005. A Beauveria phylogeny inferred from nuclear ITS and EF1-a sequences: Evidence for cryptic diversification and links to Cordyceps teleomorph. Mycologia, 97: 84-98.

Santos, J.M., Correia, V.G. and Philips, J.L. 2010. Primers for mating-type diagnosis in Diaporthe and Phomopsis: Their use in teleomorph induction in vitro and biological species definition. Fungal Biology, 114: 255-270.

Santos, J.M. and Phillips, A.J.L. 2009. Resolving the complex of Diaporthe (Phomopsis) species occurring on Foeniculum vulgare in Portugal. Fungal Diversity, 34: 111-125.

Schoch, C.L., Seifert, K.A., Huhndorf, S., Robert, V., Spouge, J.L., Levesque, C.A., Chen, W. and Consortium, F.B. 2012. Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for fungi. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 109: 6241–6246.

Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A. and Kumar, S. 2013. MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 30: 2725-2729.

Udayanga, D., Castlebury, L.A., Rossman, A.Y., Chukeatirote, E. and Hyde, K.D. 2014. Insights into the genus Diaporthe: Phylogenetic species delimitation in the D. eres species complex. Fungal Diversity, 67: 203-229.

Udayanga, D., Liu, X., Crous, P.W., McKenzie, E.H.C., Chukeatirote, E. and Hyde, D. 2012. A multi-locus phylogenetic evaluation of Diaporthe (Phomopsis). Fungal Diversity, 56: 157-171.

Uecker, F.A. 1988. A world list of Phomopsis names with notes on nomenclature, morphology and biology. Mycologia Memoir, 13: 231 pp.

Uecker, F.A. and Johnson, D.A. 1991. Morphology and taxonomy of Phomopsis on Asparagus. Mycologia, 83: 192-199.

Vedashree, S., Sateesh, M.K., Chowdappa, P. and Nirmalkumar, B.J. 2015. Species-specific PCR-based assay for identification and detection of Phomopsis (Diaporthe) azadirachtae causing die-back disease in Azadirachta indica. Journal of Phytopathology, 163: 818-828.

Vrandecic, K., Cosic, J., Riccioni, L., Duvnjak, T. and Jurkovic, D. 2004. Phomopsis longicola- new pathogen on Abutilon theophrasti in Croatia. Plant Pathology, 53: 251. DOI: 10.1111/j.0032-0862.2004.00992.x.