جداسازی و شناسایی نشانگرهای ریزماهواره از ژنوم گونه در معرض انقراض شتر دو کوهانه

Subject Areas : Camel

ع.  دانشور آملی ¹ (Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran)
م.  امین افشار ² (Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran)
س.ا.  شاهزاده فاضلی ³ (Human and Animal Cell Bank, Iranian Biological Resource Center (IBRC), Academic Center for Education, Culture and Research (ACECR), Tehran, Iran|Department of Molecular and Cellular Biology, Faculty of Basic Science and Advanced Technologies in Biology, University of Science and Culture, Tehran, Iran)
ن.  امام جمعه کاشان ⁴ (Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran)
ک.  جمعه خالدی ⁵ (Department of Agriculture, Yadegar-e-Imam Khomeini (rah), Shahr-e-Rey Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran)

Received: 2017-01-29 Accepted : 2017-04-30 Published : 2017-12-01

Keywords: PIMA, شتر دوکوهانه, حفاظت ذخایر ژنتیکی, نشانگر ریزماهواره,

Abstract :

شتر دوکوهانه یکی از گونه‌های دامی در معرض انقراض ایران بوده که اکثراً در شمال غرب کشور پرورش داده می‌شود. ریز‌ماهواره‌ها یکی از نشانگرهای مناسب برای مطالعات ژنتیک جمعیت و تعیین هویت جانوران و رده‌های سلولی هستند. در این تحقیق نشانگرهای ریزماهواره با استفاده از 40 رده سلولی فیبروبلاستی شتر دوکوهانه و به روش PIMA (PCR Isolation of Microsatellite Arrays) جداسازی، شناسایی و بررسی گردیدند. PIMA روش مناسبی است که نیازی به تشکیل کتابخانه ژنومی و استفاده از مواد رادیواکتیو ندارد. پس از بررسی توالی‌ها، تعداد 4 جایگاه ریزماهواره جدید (IBRC01، IBRC02، IBRC03 و IBRC04) شناسایی و برای آنها پرایمر طراحی گردید. تنوع آللی جایگاه‌های فوق در تعداد 40 نمونه شتر دوکوهانه بررسی شد. تعداد آلل‌های مشاهده ‌شده از 5-3 آلل متغیر بود. هتروزایگوسیتی مشاهده شده بین 52/0 تا 71/0 و هتروزایگوسیتی مورد انتظار بین 53/0 تا 80/0 و شاخص شانون بین 89/0 تا 6/1 متغیر بود. درخت فیلوژنی بر اساس توالی‌های به دست آمده و توالی‌های ثبت شده از گونه شتر رسم گردید و تفاوت گونه‌ها را بر مبنای پراکنش جغرافیایی تأیید کرد. نتایج این تحقیق نشان می‌دهد که روش PIMA برای جداسازی و شناسایی نشانگرهای ریزماهواره کارایی خوبی داشته است. همچنین تنوع جایگاه‌های ریزماهواره جدید شناسایی ‌شده خوب بوده و از آنها می‌توان به‌ عنوان ابزاری مفید برای انجام مطالعات ژنتیک جمعیت، تعیین هویت و حفاظت از ذخایر ژنتیکی شتر دوکوهانه استفاده نمود.

References:

Abdul-Muneer P.M. (2014). Application of microsatellite markers in conservation genetics and fisheries management: recent advances in population structure analysis and conservation strategies. Genet. Res. Int. 1, 1-11.

Bulliet Richard W. (1975). The Camel and the Wheel. Harvard University Press, Cambridge, Massachusetts.

Chiang T.Y., Lee T.W., Lin F.J., Huang K.H. and Lin H.D. (2008). Isolation and characterization of microsatellite loci in the endangered freshwater fish cyprinidae(Varicorhinus alticorpus). Conserv. Genet. 9, 1399-1401.

Chuluunbat B., Charruau P., Silbermayr K., Khorloojav T. and Burger P.A. (2014). Genetic diversity and population structure of Mongolian domestic bactrian camels (Camelus bactrianus). Anim. Genet. 45(4), 550-558.

Chung-Jian L.J.P., Wang J.P., Lin H.D. and Chiang T.Y. (2007). Isolation and characterization of microsatellite loci in hemibarbus labeo (cyprinidae) using PCR-based isolation of microsatellite arrays (PIMA). Mol. Ecol. 7, 788-790.

Creste S., Neto A. and Figueira A. (2001). Detection of single sequence repeat polymorphisms in denaturing polyacrylamide sequencing gels by silver staining. Mol. Biol. 19, 299-306.

Daneshvar Amoli A., Mohebali N., Farzaneh P., Shahzadeh Fazeli S.A., Nikfarjam L., Ashouri Movasagh S., Moradmand Z., Ganjibakhsh M., Nasimisn A., Izadpanah M., Vakhshiteh F., Gohari N.S., Masoudi N.S., Farghadan M., Mohammadi Moghanhughi S., Khalili M. and Khaledi K.J. (2017). Establishment and characterization of Caspian horse fibroblast cell bank in Iran. In Vitro Cell. Dev. Biol. Anim. 53(4), 337-343.

Ellegren H. (2004). Microsatellites: simple sequences with complex evolution. Nat. Rev. Genet. 5(6), 435-445.

Eltanany M., Elfaroug Sidahmed O. and Distl O. (2015). Assessment of genetic diversity and differentiation of two major camel ecotypes (Camelus dromedarius) in Sudan using microsatellite markers. Arch. Anim. Breed. 58(2), 269-275.

Elyasi Gorji Z., Khaledi K.J., Daneshvar Amoli A., Ganjibakhsh M., Nasimian A., Sadat Gohari N., Vakhshiteh F., Farghadan M., Izadpanah M., Mohammadi Moghanhughi S., Rahmati H., Shahzadeh Fazeli S.A. and Farzaneh P. (2017). Establishment and characteristics of Iranian Sistani cattle fibroblast bank: a way to genetic conservation. Conserv. Genet. Res. 9(2), 305-312.

Fitak R.R., Mohandesan E., Corander J. and Burger P.A. (2016). The de novo genome assembly and annotation of a female domestic dromedary of North African origin. Mol. Ecol. Res.16, 314-324.

Hatanaka T. (2002). A polymorphic, telomeric-like sequence microsatellite in the Neotropical fish Prochilodus. Cytogen. Gen. Res. 98, 308-310.

Lin H.D., Lee T.W., Lin F.J., Lin C.J. and Chiang T.Y. (2008). Isolation and characterization of microsatellite loci in the endangered freshwater fish pararasbora moltrechti (cyprinidae) using PCR-based isolation of microsatellite arrays (PIMA). Conserv. Genet. 9, 945-974.

Lunt D.H., Hutchinson W.F. and Carvalho G.R. (1999). An efficient method for PCR-based isolation of microsatellite arrays (PIMA). Mol. Ecol. 8, 891-893.

Ma H.Y., Bi J.Z., Shao C.W., Chen Y., Miao G.D. and Chen S.L. (2009). Development of 40 microsatellite markers in spotted halibut (Verasper variegatus) and the cross-species amplification in barfin flounder (Verasper moseri). Anim. Genet. 40, 576-578.

Nei M. and Takezaki N. (1996). The root of the phylogenetic tree of human populations. Mol. Biol. Evol. 13, 170-177.

Paredes M.M., Membrillo A., Gutiérrez J.P., Cervantes I., Azor P.J., Morante R., Alonso-Moraga A., Molina A. and Muñoz-Serrano A. (2014). Association of microsatellite markers with fiber diameter trait in peruvian alpacas (Vicugna pacos). Livest. Sci. 161, 6-16.

Potts D. (2005). Bactrian camels and bactrian-dromedaryhybrids Pp. 62-84 in The Silk Road. D. Waugh, Ed. Saratoga: The Silk Road Foundation, Stillwater, New York.

Rousset F. (2008). Genepop'007: a complete reimplementation of the Genepop software for Windows and Linux. Mol. Ecol. Res. 8, 103-106.

Rout Pramod K.J., Manjunath B., Ajoy M., Denis L., Lalji S. and Kumarasamy T. (2008). Microsatellite-based phylogeny of Indian domestic goats. BMC Genet. 9(1), 1-11.

Rozen S. and Skaletsky H.J. (2000). Primer3 on the www for general users and for biologist programmers. Pp. 365-386 in Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. S. Krawetz and S. Misener, Eds. Humana Press, Totowa, New Jersey.

Sadder M., Migdadi H., Al-Haidary A.I. and Okab A. (2015). Identification of simple sequence repeat markers in the dromedary (Camelus dromedarius) genome by next-generation sequencing. Turkish J. Vet. Anim. Sci. 39, 218-228.

Sanches A. and Galetti Jr P.M. (2006). Microsatellites loci isolated in the freshwater fish Brycon hilarii. Mol. Ecol. Notes. 6, 1045-1046.

Shahkarami S., Afraz F., Mirhoseini S., Banabazi H., Asadzadeh N., Asadi N., Hemmati B., Ghanbari A. and Razavi K. (2012). Genetic diversity in iranian bactrian camels (Camelus batrianus) using, microsatellite markers. Mod. Genet. J. 7, 249-258.

Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M. and Kumar S. (2011). MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum. Mol. Biol. Evol. 28(10), 2731-2739.

Toth G., Gaspari Z. and Jurka J. (2000). Microsatellites in different eukaryotic genomes. Survey and analysis. Genom. Res. 10, 967-981.

Wu H., Guang X., Al-Fageeh M.B., Cao J., Pan S., Zhou H. and Xie Z. (2014). Camelid genomes reveal evolution and adaptation to desert environments. Nat. Commun. 5, 5188.

Yeh F.C., Boyle T. and Rongcai Y. (1999). POPGENE Version 1.31. Microsoft Window Based Freeware for Population Genetic Analysis. University of Alberta Press, Edmonton, Canada.

Zane L., Bargelloni L. and Patarnello T. (2000). Strategies for microsatellite isolation: a review. Mol. Ecol. 11(1), 1-6.