بکارگیری روش HRM در شناسایی و تفریق جدایه‌های ایرانی ویروس بیماری نیوکاسل از سویه‌های واکسینال

الموضوعات : پاتوبیولوژی مقایسه ای

شهداد دیبازر ، نریمان شیخی ، فرهید همت زاده ، سعید چرخکار ، سیدعلی پوربخش . ¹ ( )

تاريخ الإرسال : 29 السبت , ربيع الثاني, 1435 تاريخ التأكيد : 28 الخميس , شعبان, 1435 تاريخ الإصدار : 28 الثلاثاء , ذو القعدة, 1435

الکلمات المفتاحية: آنالیز HRM, ویروس بیماری نیوکاسل, ویروس واکسن, تفکیک, پرایمر,

ملخص المقالة :

برای کنترل همه‌گیری‌ها لازم است تا حضور ویروس‌های حاد از واکسن در کمترین زمان ممکن و با بیشترین دقت تشخیص داده شود. هدف از این مطالعه، بکارگیری روش HRM (High-Resolution Melting-Curve Analysis) در شناسایی و تفریق جدایه‌های بومی ویروس بیماری نیوکاسل از سویه‌های واکسن بود. در این مطالعه 5 جدایه حادNDV همراه با 6 نمونه‌ از واکسن‌های نیوکاسل موجود در بازار ایران مورد استفاده قرار گرفتند. بر اساس توالی نوکلئوتیدی ژن F، 8 جفت پرایمر ( HA ) برای آنالیز HRM طراحی و ساخته شدند. در مرحله نخست 2 ویروس واکسن و یک ویروس حاد با هر 8 جفت پرایمر آنالیز شدند. بر اساس نتایج حاصله، در مرحله بعد 3 جفت پرایمر از بین آنها انتخاب و تمام ویروسها مورد بررسی قرار گرفتند. با استفاده از نرم‌افزار، الگوهای بدست آمده از ویروس‌های وحشی با الگوهای حاصل از واکسن مقایسه شدند. با استفاده از جفت پرایمرهای A، B، C، F و H دمای ذوب سویه‌های واکسن بالاتر از جدایه‌های حاد به دست آمد، اما با پرایمرهای D، E و G این حالت دیده نشد. بر اساس آنالیز منحنی‌های HRM در این مطالعه، جفت پرایمرهای B و H توانستند بهتر از سایرجفت پرایمرها سویه‌های واکسن را از یکدیگر و از جدایه حاد تفکیک کنند. براساس یافته‌های حاصل از این مطالعه می‌توان نتیجه گرفت که با استفاده از آنالیز HRM و انتخاب پرایمرهای مناسب می‌توان در مدت زمان کوتاه و با دقت بالا در مقایسه با سایر روش‌های رایج قبلی نظیر انجام آزمایش‌های تعیین شاخص‌های بیماری‌زایی، آزمون RT-PCR و تعیین توالی نوکلئوتیدی اقدام به تفکیک و تعیین حدت ویروس‌های نیوکاسل و تشخیص ویروس‌های حاد از ویروس‌های واکسن کرد