ژنوتاپینگ سویه های هلیکو باکترپیلوری جدا شده از نمونه های بیوپسی در شهرستان شهرکرد به روش RAPD PCR
الموضوعات :حسین آقاجانی 1 , حسین خدابنده شهرکی 2
1 - گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرکرد، شهرکرد، ایران
2 -
الکلمات المفتاحية: بیوپسی, ژنوتایپینگ, هلیکوباکتر پیلوری, RAPD-PCR,
ملخص المقالة :
هلیکوباکتر پیلوری از عوامل مهم بیماریهای گوارشی میباشد. از آنجا که تنوع ژنتیکی درون جمعیت هلیکوباکتر پیلوری به میزان زیاد رخ میدهد، با روشهایی مانند RAPD-PCR رابطه ی احتمالی بین ژنوتیپهای ویژه ی هلیکوباکتر پیلوری و بیماریهای مختلف معده را تعیین کرد. در این تحقیق الگوی ژنتیکی سویه های هلیکوباکتر پیلوری جدا شده از بیماران مختلف دچار سو هاضمه با روش RAPD-PCR بررسی شدند. طی این مطالعه نمونه های بیوبسی 40 بیمار شامل 20 بیمار طبیعی، 16 بیمار دچار زخم و 4 بیمار دچار سرطان، با استفاده از کیت استخراج DNA ساخت شرکت سیناژن، استخراج DNA آنها صورت گرفت و در حضور پرایمر 16srRNA تشخیص قطعی سویه ها انجام شد و ژنوتایپینگ سویه ها به روش RAPD-PCR صورت گرفت. در این تحقیق پس از انجام آزمون PCR به منظور تشخیص قطعی هلیکوباکتر پیلوری تمامی نمونه ها با داشتن باند 109 جفت بازی مثبت تشخیص داده شدند. در دندروگرام بهدست آمده در آزمون RAPD-PCR در 40 سویه هلیکوباکتر پیلوری مورد بررسی در نمونه های بیوپسی بهطور کلی قرابتی بین 54 تا 98 درصد در میان جدایهها مشهود است. تمامی جدایهها در 9 خوشه اصلی از یکدیگر متمایز شدند. در ضریب تشابه 80 درصد مجموعاً 30 پروفایل شامل 9 خوشه و 21 نقطه جداگانه شناسایی شد. در بررسی قطعات DNA الکتروفورتیک اشکال زیر مشاهده گردید که نتایج بهدست آمده از نظر ژنتیکی متنوع و ناهمگن است. نتایج به دست آمده بر روی 20 سویه جدا شده از بیماران طبیعی نشان داد که هر یک از سویه ها الگوی انگشت نگاری ژنتیکی مخصوص به خود را دارند.
1. Israel DA, Salama N, Arnold CN, Moss SF, Ando T, Wirth HP, Tham KT, Camorlinga M, Blaser MJ, Falkow S, Peek RM Jr. Helicobacter pylori strain-specific differences in genetic content, identified by microarray, influence host inflammatory responses. J Clin Invest 2001; 107: 611-620
2. Yakoob J, Hu GL, Fan XG, Yang HX, Liu SH, Tan DM, Li TG, Zhang Z. Diversity of Helicobacter pylori among Chinese persons with H pylori infection. APMIS 2000; 108: 482-486.
3. Israel DA, Salama N, Krishna U, Rieger UM, Atherton JC, Falkow S, Peek RM Jr. Helicobacter pylori genetic diversity within the gastric niche of a single human host. Roc Natl Acad Sci USA. 2001; 98: 14625-14630.
4. Jafari F, Shokrzadeh L, Dabiri H, Baghaei K, Yamaoka Y, Zojaji H, Molaei M, Zali MR. vacA genotypes of Helicobacter pylori in relationship to cagA status and clinical outcomes. Jpn J Infect Dis. 61(7): 2008; 290-293
5. Mohammadi M, Oghalaei A, Mohajerani N,Masserat S, Nasiri M, Colding H, Anderson LP. Prevalance of Helicobacter pylori vaculating cytotoxin and its allelic musaism as a predictive marker for Iranian dyspeptic patients. Bull Soc Pathol Exot. 2003; 96 (1): 31-38.
6. Kabir S. Detection of Helicobacter pylori DNA in feces and saliva by polymerase chain reaction: areview. Helicobacter. 2004; 9 (7):115–23.
7. Konno M, Fujii N, Yokota S, Sato K, Takahashi M, Sato K et al. Five-year follow up study of mother-to-child transmission of Helicobacter pylori infection detected by a random amplified polymorphic DNA fingerprinting method. J Clin Microbiol. 2005; 43(5)2246–2250
8. Akopyanz N, Bukanov NO, Westblom TU et al. DNA diversity among clinical isolates of Helicobacter pylori detected by PCR-based RAPD fingerprinting. Nucleic Acids Res. 1992; 20: 5137-42
9. Mansour-Ghanaei F, Yousefi M, Joukar F. Prevalence of Helicobacter pylori infection among children in Rasht, Northern Iran.Mid East j dig dis. 2009;1(2): 84-88.
10. Govorun VM, Lokhov PG, Moshkovskii SA, Momynaliev KT, Selesnyova OV, Kudryavtseva LV et al. Comparative analysis of different typing methods for Helicobacter pylori clinical isolates. Biochemistry. 2004; 69(5):536-4111.
11. Zhou L, Sung JJ, Lin S. A five-year follow-up study on the pathological changes of gastric mucosa after H. pylori eradication. Chin Med J. 2003; 116: 11-4.
12. Welsh J, McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Res. 1990; 24: 7213-7218.
13. Kidd M, Atherton JC, Lastovica AJ et al. Clustering of South African Helicobacter pylori isolates from peptic ulcer disease patients is demonstrated by repetitive extragenic palindromic-PCR Kid fingerprinting. J Clin Microbiol. 2001; 39: 1833-1839.
