ارزیابی روش‌های مختلف استخراج DNA ژنومی از نمونه‌های هرباریومی گیاه Myosotis

الموضوعات :

زهرا قاسم زاده ¹ , مریم خوش سخن مظفر ²

1 - دانش آموخته زیست¬شناسی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد قم، قم، ایران
2 - دانشیار زیست شناسی ، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد قم، قم، ایران

تاريخ الإرسال : 23 الإثنين , شوال, 1446 تاريخ التأكيد : 19 السبت , ذو القعدة, 1446 تاريخ الإصدار : 05 الأحد , ذو الحجة, 1446

الکلمات المفتاحية: استخراج DNA, CTAB, میوزوتیس, دلاپورتا, ترکیبات ثانویه,

ملخص المقالة :

مقدمه: استخراج DNA بعنوان ابزاری در روشهای مولکولی بسیار دارای اهمیت است. این استخراج از بسیاری گیاهان به دلیل دارا بودن متابولیتهای ثانویه آسان نیست. هدف در این مطالعه، یافتن راهی برای استخراج بهینه DNA از گیاه Myosotis از خانواده گاوزبان می­باشد.

مواد و روش­ها: در این مطالعه جهت استخراج DNA از 5 گونه گیاه Myosotis از سه روش CTAB  بدون تغییرات، CTAB با تغییرات و دلاپورتا استفاده شد.

نتایج: نتایج نشان داد در روش CTAB بدون تغییرات تنها در گونه M. stricta (جمع آوری2007) باند مشاهده شد. در روش CTAB تغییر یافته گونه­های­ M. stricta (جمع آوری2007)، M. stricta (جمع آوری2012)، M. asiatica (جمع آوری2004) باندهای قوی و گونه­های  M. sparsiflora(جمع آوری1980) و M. sylvatica (جمع­آوری 1988) باند ضعیف­تر ایجاد کرد و در روش دلاپورتا در گونه M. asiatica (جمع آوری2004) باند مشاهده گردید.

بحث: در روش CTAB  با تغییرات به دلیل افزایش حجم 60 مرکاپتواتانول (جلوگیری از اکسید شدن پلی فنلها) و استفاده از استات آمونیوم (جدا کردن بهتر هیستونها از اسیدنوکلییک)+ استراحت (فرصت بیشتر برای انجام واکنش­ها)، میزان غلظت DNA بهتری حاصل می­شود. با توجه به احتمال تخریب DNA در نمونه­های قدیمی، DNA استخراجی با کیفیت و کمیت بهتر فقط با روش CTAB با تغییرات حاصل گردید.

المصادر:

1. Doyle JJ, Doyle JL. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus; 1990 12:13-15.
2. Dellaporta SL, Wood J, Hicks JB. A plant molecular DNA minipreparation version 2. Plant Mol Biol Rep. 1983;1(1):19-21.
3. Kang TJ, Yang MS. Rapid and reliable extraction of genomic DNA from various wildtype and transgenic. Biotechnology; 2004 6750:4-20.
4. Khanuja SPS, Shasany AK, Darokar MP, Kumar S. Rapid isolation of DNA from dry and fresh samples of plants producing large amounts of secondary metabolites and essential oils. Plant Molecular Biology Reporters. 1999; 17: 1–7.
5. Khatamsaz, M, Flora of Iran, No. 39 – Boraginaceae, Forest and Rangeland Research Institute Publications; 2002.
6. Alidoosty-shahraky Z, Farrokh P, Amirahmadi A, Rezaei A, Ghasemian J. Comparison of five genomic DNA extraction methods in Iranian medicinal plant, Echium amoenum. J Med Plants. 2023;36(3):216-231.
7. FatemiFard SZ, Masoumiasl A. DNA extraction from dried specimens of plant and fungi in a fast, secure, and non-liquid nitrogen method. Iran J Plant Biotech. 2019;14(3):20-27.
8. Saboora A, Amiri Rad M, Asgarani E, Radjabian T. Comparison of three methods for genomic DNA extraction from fresh and herbarium leaf specimens of Achillea wilhelmsii. Nova Biol Res. 2019;5:458-465.
9. Zabiti SM, Ismaeili Maddah Arefi H, Nazarian Firouzabadi F, Mojiri F. Separation of secondary metabolites in DNA extraction process of thyme and analysis using GC-MS. Cell Mol Res. 2014;27(1):66-74.
10. Hoseinpour-Azad N, Nematzadeh GH. Introducing a fast and simple method for DNA extraction from Persian hogweed (Echium amoenum). Plant Ecosyst. 2012;8(31):111-120.
11. Banitalebi-Dehkordi S, Jafari-Sayyadi MH, Alavi-Samani SA. Optimization of CTAB method for DNA extraction from Iranian oak leaf tissue Quercus brantii Lindl. 8th National Biotechnology Congress of I.R. Iran & 4th National Conference on Biosecurity; 2013; Tehran, Iran.
12. Salehi K, Mozaffarian-Firoozabadi F, Esmaeili A, Zabeti SM. Determining the appropriate method for extracting genomic DNA from the leaves of medicinal plant chamomile. Nat Conf Med Plants. 2010.