شناسایی اینتگرون، کاست های ژنی و مقاومت چنددارویی در سویه های اشریشیاکلی یوروپاتوژنیک جدا شده از نمونه های کلینیکی شهرستان بوشهر
الموضوعات :
سارا توتون ساز
1
,
محمد کارگر
2
1 - کارشناسی ارشد، گروه میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد جهرم، جهرم، ایران.
2 - استاد، گروه میکروبیولوژی، مؤسسه آموزش عالی زند شیراز، شیراز، ایران.
الکلمات المفتاحية: عفونت دستگاه ادراری, اشریشیا کلی یوروپاتوژنیک, مقاومت چند دارویی (MDR), اینتگرون‌ها, کاست‌های ژنی. ,
ملخص المقالة :
سابقه و هدف: اینتگرون ها و کاست های ژنی یکی از مکانیسم های اصلی گسترش مقاومت چندگانه در سویه های اشریشیا کلی می باشند. هدف از این پژوهش، ارزیابی شیوع اینتگرون‌های کلاس 1 تا 3 و کاست های ژنی و تعیین ارتباط آن در ایجاد مقاومت چنددارویی در جدایه های اشریشیا کلی یوروپاتوژنیک جدا شده از عفونت‌های دستگاه ادراری در شهرستان بوشهر بود. مواد و روش ها: این پژوهش به صورت مقطعی-توصیفی بر روی140 سویه اشریشیاکلی جداشده از نمونه‌های عفونت ادراری در شهرستان بوشهر انجام شد. با استفاده از کشت در محیط های اختصاصی و آزمون های استاندارد بیوشیمیایی، تعیین هویت سویه های اشریشیا کلی انجام شد. حساسیت آنتی بیوتیکی جدایه ها نسبت به 18 آنتی بیوتیک ارزیابی گردید. در نهایت با استفاده از پرایمرهای اختصاصی فراوانی اینتگرون‌های کلاس 1تا 3 در جدایه‌ها با روش Single PCR تعیین گردید. یافته ها: از مجموع نمونه های مورد پژوهش بیشترین میزان مقاومت آنتی‌بیوتیکی در جدایه های اشریشیاکلی مربوط به آنتی‌بیوتیک‌های آموکسی‌سیلین و آمپی‌سیلین به ترتیب با فراوانی (82% ) و (80% ) مشاهده شد. میزان فراوانی اینتگرون های کلاس 1و2 به ترتیب تعداد (29)72 /20 % و(10) 7/11 % بود اما اینتگرون کلاس 3 در هیچکدام از جدایه‌ها شناسایی نشد. میزان فراوانی کاست های ژنی مربوط به اینتگرون کلاس 1، تعداد(25) 17/92% و برای اینتگرون کلاس2، (8) 5/67% بود. نتیجه گیری: میزان فراوانی اینتگرون کلاس 1 و کاست های ژنی مربوط به آن ها در سویه‌های اشریشیاکلی مورد مطالعه نسبت به سایر اینتگرون ها بودند. از این رو احتمالا می تواند در گسترش سویه‌هایی با مقاومت چند دارویی نقش داشته باشد.
Mokracka J , Oazynska A , Kanznowski A. Increased frequency of integrons and B-lactamase-coding genes among exteraintestinal Escherichia coli isolated with a 7-Year interval, Antonie Van Leeuwenhoek, 2013;103:163-174.
Asadi S, Solhjoo K, Kargar M, Rezaeian AA. Phylogenic groups of Escherichia coli strains isolated from urinary tract infection in Jahrom city, southern Iran. Journal of Microbial World.2011; 3 (4): 240-245
Al-Yasi, AAA, Al Saadi kA. Molecular detection of genes responsible for multidrug resistance in uropathogenic Esherichia coli, Iranian journal of ichthyology 9(icab, special issue 2022: 69-78.
Gümüs D , Kalayci Yükse F , Camadan FD , Oral M ,Macunluoğlu AC , Ang küçüker M. High prevalence of class 1 and class 2 integrons in uropathogenic E. coli strains (UPECs) and their relationship with antibiotic resistance, phylogeny and virulence. J Ist Faculty Med 2022; 85(1):77-85.
Sarra S, Arsene MMJ, Grigorievna V E Victorovna PI, Vyacheslavovna YN, Nikolaïevna,BM. Antibiotic resistance pattern of uropathogenic Escherichia coli isolated from children with symptomatic urinary tract infection in Moscow, int. J. One health, 2021; 7(2):212-219.
Shokri D , Mobasherizadeh S , Fatemi SM , Moayednia R , Sadeghi Naeini M. Hospital based surveillance of carbapenem resistance in multidrug-resistant(MDR) strains of Enterobacter and Escherichia coli in Isfahan. Journal of Microbial World 2015; 8(1):64-75
Lina TT, Rahman SR, Gomes DJ. Multiple-Antibiotic Resistance Mediated by Plasmids and Integrons in Uropathogenic Escherichia coli and Klebsiella Pneumoniae, Bangladesh J Microbiol, 2007 ;(24), 1, 19-23.
Domingues S, Silva G,Nielsin K. Vehicle and pathways for horizontal dissemination in bacteria, Mob Gene El, 2012; 2, 5, 211-223.
Mazel D. Integrons:agents ofbacterialevolution, Nat Rev Microbiol, 2006;4(8):608-20
Ochoa SA, Cruz-Cordova A, Luna-Pineda VM, Reyes-Grajeda JP, Cazares-Dominguesz V, et al. Multidrug And Extensively Drug-Resistant Uropathogenic Escherichia Coli Clinical Strains: Phylogenic Groups Widely Associated with Integrons Maintain High Genetic Diversity, ORGINAL RESEARCH fmicb.2016; 02042.
Shi L,Fujihara K,Sato T ,Ito H, et al. Distribution and characterization of integrons in various serogroups of Vibrio cholera strains isolated from diarrhoeal patients between 1992 and 2000 in Kolkata, India, J Med Microbiol, 2006;55, 575-583.
Yu H , Lee J, Kang H, Ro D, et al. Changes in Gene Cassettes of Class 1 Integrons among Escherichia coli Isolates from Urine Specimens Collected in Korea during the Last Two Decades, J clin Microbiol, 2003; 41,12 ,5429–5433
FluitA, Schmitz F. Resistance integrons and super- integrons, CM I,2004; 10, 272-288.
MarquezC,LabbateM,RaymondoC,FernandezJ,GestalA,HollyM,BorthagarayG,StokesH. Urinary Tract Infection in a South American Population :Dynamic Spread of Class 1 Integrons and Multidrug Resistance by Homologous and Sit-Spesific Ricombination , J Clin Microbiol, 2008; P.3417-3425.
Kargar M, Mohammadalipour Z, Doosti A, Lorzadeh S, Japoni- Nejad A. High Prevalence of Class 1 to 3 Integron Among Multidrug- Resistance Diarrheagenic Escherichia coli in Southwest of Iran, Osong Public Health Res Perspect, 2014; 5, 4, 193-198.
Machado E, CantonR, Baquero F, Galan J, et al. Integron Content of Extended-Spectrum-β-Lactamase-Producing Escherichia coli Strains over 12 Years in a Single Hospital in Madrid, Spain, Antimicrob Agents Chemother, 2005; 49, 5, 1823-1829.
White P,Mclver C,Rawlinson W. Integrons and Gene Cassettes in the Enterobacteriaceae, Antimicrob. Agents Chemother, 2001; 45(9):2658-2661.
Oliveira-Pinto C, Diamantino C, Oliveira PL, Reis MP, Costa PC, et al. Occurrence and characterization of class 1 integrons in Escherichia coli from healthy individuals and those with urinary infection, Journal of Medical Microbiology 2017;66:577–583.
Partridge S ,Tsafnat G,Coiera E ,Iredell J. Gene cassettes and cassette arrays in mobile resistance integrons, FEMS Microbiol Rev,(2009) ;33 , 757-784.
Falakian Z,Nikokar I, Nafisi,M , Karimi,A,Validi,M . Frequency of Class1 Integrons among Escherichia coli Isolates of Patients with Urinary Tract Infectin,Iran, J Clin Infect Dis, 2011; 6,.4,157-160.
Haddadi A,Ghezeljeh M ,Shavandi M. Prevalence of class 1 and 2 integrons among the multidrug resistant uropathogenic strains of Escherichia coli, Asian Biomed, 2015;9.1,45-49.
Yekani M, Memar MY, Baghi HB, Sefidan FY, Alizadeh N, Ghotaslou R. Association of integrons with multidrug-resistant isolates among phylogenic groups of uropathogenic Escherichia coli, Microbiology Research 2018; 9:7484.
Nojoomi F, Vafaee M, Rajabi Vardanjan Hi. The Relationship Between Class I and II Integrons and Antibiotic Resistance Among Escherichia coli Isolates From Urinary Tract Infections, Int J Enteric Pathog. 2018; May; 6(2):45-47.
KOT B. Antibiotic Resistance among Uropathogenic Escherichia coli Polish Journal of Microbiology 2019; Vol. 68, No 4, 403–415.
Mirnezami M, Ranjbar R, Niakan M., Ahmadi MH. Frequency of Antimicrobial,., Resistance and Class 1 and 2 Integrons in Escherichia Coli Strains Isolated from Urinary Tract Infection, Iranian Journal of Pharmaceutical Research (2022 19 (3): 282-287.(
Li W, Ma J, Sun X, Liu M, Wang H, Antimicrobial Resistance and Molecular Characterization of Gene Cassettes from Class 1 Integrons in Escherichia coli Strains Microbial Drug Resistance, 2022; Volume 28, Number 4.
Farahani A, Dastranj M, Shamseddin J, Veisi H, Soltani S, Kalantar H. Antibiotic resistance and presence of integrin class 1 and class 2 genes amongst Escherichia coli isolates of urine specimens of inpatients and outpatients in Ahvaz, Southern of Iran. Journal of Microbial World 2023; 16 (3):167-177
Rowe- mangnus D,Mazel D, Therole of integrons in antibiotic resistance gane capture, J. Med. Microbiol, 2002; 292, 115-125.
Al-Azawi I H , Al-Bidiri M S , Distribution of Integron III and Phylogenic Clade amon MDR Uropathogenic E.coli from Patient in Al-Diwaniyah City , Iraq . (2022); Wiad Lek, 75(5p2):1254-1260.
Zeighami H,Haghi F,Masumian N.,Hemmati F, Samei A, NaderiG,Distribution of Integrons and Gene Cassettes Among Uropathogenic and Diarrheagenic Escherichia coli Isolates in Iran, M D R, 2015;V00,N00.
Gundogdu A ,Beverley Long Y,Liegh Vollmerhausen T Katouli M. Antimicrobial resistantce and distribution of sul genes and integron-associeted intI among uropathogenic Escherichia coli in Queensland, Australia, J med microbiol, 2011; 60,1633-1642.
Farshad S,Japoni A, Hosseini M . Low Distribution of Integrons among Multidrug Resistan E.coli Strains Isolated From Children with Community-Acquired Urinary Tract Infections in Shiraz, Iran. Pol. J. Microbial, 2008; l.57, .3, 193-198.
Recchia G, Stokes H, Hall R . Characterisaion of slecific and secondary recombination sites recognized by the integron DNA integrase, NAR, 1994; 22, 11, 2071-2078.
EL-Najjar N, Farah M ,Tokajian S, Antibiotic resistance patterns and sequencing of class 1 integron from uropathogenic Escherichia coli in Lebanon, Lett Appl Microbiol, 2010 ;51, 456-46.
Dawes F. Antibiotic resistance genes located in integrons isolated from Escherichia coli recovered from humans and animals, university of Wollongong thesis collection ; 2009.
Al-Assil B,Mahfoud M ,Hamzeh A. First report on class 1 integrons and trimethoprim- resistant genes from dfrA group in uropathogenic E.coli (UPEC) from the aleppo area in Syria, Mob Gene El, 2013; :3: (25204-1-6).
