بررسی اثر کوتاه شدن طول پپتید بتاآمیلوئید بر کنفورماسیون دنباله ی فنیل آلانین 19 موثر در بیماری آلزایمر به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی و تئوری تابعی چگالی
محورهای موضوعی : شیمی کوانتومی و اسپکتروسکوپی
کلید واژه: آلزایمر, زنجیره جانبی, آروماتیسیته, آمیلوئید,
چکیده مقاله :
در این مطالعه، شبیه سازی دینامیک مولکولی پپتیدهای بتاآمیلوئید که مسئول تشکیل پلاک‌های آمیلوئیدی در بیماری آلزایمر هستند، مورد بررسی قرار گرفت. چهار سیستم شبیه‌سازی طراحی شد که شامل دو فرم از پپتید Aβ1-40 و فرم کوتاه شده‌ی آن Aβ1-36 بودند. هدف این پژوهش بررسی تأثیر آرایش دنباله‌های فنیل آلانین 19، ایزولوسین 31 و لوسین 34 بر پایداری و دینامیک پپتیدها بود. در دو سیستم های طراحی شده، دنباله ی فنیل آلانین 19 در سمت مقابل دنباله های ایزولوسین 31 و لوسین 34 قرار گرفت و در دو سیستم دیگر فنیل آلانین 19 در سمت یکسان با دنباله های ایزولوسین 31 و لوسین 34 قرار داده شد. مقادیر RMSD و زاویه ی بین کربن های آلفا در دنباله های ذکر شده در سیستم های مورد مطالعه محاسبه شد. اندیس HOMA به عنوان معیاری از مسطح بودن زنجیره ی جانبی فنیل آلانین 19 از محاسبات تئوری تابعی چگالی به دست آمد. نتایج نشان داد که کوتاه شدن پپتید منجر به کاهش پایداری نسبی و افزایش دینامیک آن می‌شود. محاسبات انرژی و آروماتیسیته نشان دادند که با کوتاه شدن طول پپتید و تغییر آرایش دنباله‌ها، انحراف از حالت مسطح افزایش می‌یابد.