خصوصیات فنوتیپی و ژنوتیپی سودوموناس ساواستانوی، جدا شده از یاسمن زمستانی در شیراز، با استفاده از روشBOX-PCR
محورهای موضوعی : میکروب شناسی گیاهیگیلدا نجفی پور 1 , سولماز حسنی 2 , سید محسن تقوی 3
1 - استادیار، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم، گروه گیاه پزشکی
2 - کارشناس ارشد، گروه گیاه پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز
3 - استاد، گروه گیاه پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز
کلید واژه: سودوموناس ساواستانوی, یاسمن زمستانه, BOX-PCR,
چکیده مقاله :
سابقه و هدف: یاسمن زمستانی، گیاهی از خانواده زیتون می باشد که در زیباسازی فضاهای شهری کاربرد دارد. گال سرشاخه ناشی از سودوموناس ساواستانوی یکی از بیماری های مهم در این گیاه می باشد. این مطالعه با هدف ارزیابی تنوع فنوتیپی و ژنوتیپی سودوموناس ساواستانوی جدا شده از یاسمن زمستانی در شیراز، با استفاده از روش BOX-PCR انجام گردید. مواد و روش ها: این پژوهش به صورت تجربی بر روی 23 جدایه سودوموناس ساواستانوی جدا شده از یاسمن زمستانی شیراز انجام شد. به منظور ردیابی مستقیم از آغازگر IAAL و روش PCR استفاده گردید. بررسی تنوع ژنتیکی سودوموناس ساواستانوی با روش rep-PCR و آغازگر BOX انجام شد. در ادامه داده‌های مرتبط با خصوصیات فنوتیپ جدایه های مورد بررسی به کمک نرم افزار NTsys-PC آنالیز گردید. یافته ها: بر اساس آنالیز عددی خصوصیات فنوتیپی، سویه ها در سطح 88% با یکدیگر تشابه داشتند، اما گروه بندی خاصی برای آن ها مشاهده نگردید. با استفاده از آغازگر اختصاصی IAAL و عصاره گال در بافر GES، قطعه DNA با اندازه تقریبی 454 جفت باز تکثیر شد. با استفاده از نرم‌افزارNTsys-pc در آزمون rep-PCR و آغازگر BOX، مشخص شد که جدایه ها در سطح تشابه 81%، به سه کلاستر تقسیم می شوند. کلاستر اول شامل جدایه های یاسمن زمستانه شیراز، کلاستر دوم شامل جدایه خرزهره تهران و کلاستر سوم دربرگیرنده جدایه زیتون تهران و جدایه استاندارد بود. نتیجه گیری: نتایج به دست آمده در این مطالعه نشان داد که با استفاده از آغازگر BOX می توان جدایه های سودوموناس ساواستانوی متعلق به مناطق مختلف و میزبان های متفاوت را از یکدیگر تفکیک نمود. همچنین مطالعه حاضر اولین گزارش ردیابی مستقیم باکتری سودوموناس ساواستانوی از گال گیاهان آلوده در ایران می باشد.
Background and Objectives: Winter jasmine, Jasminum nudiflorum, is a tree belonging to Syringa family, which is used in the urban designing. The gall disease in the tree branches caused by Pseudomonas savastanoi is one of the most important diseases in this trees The purpose of this study was to determine the phenotypic and genotypic diversity of P. savastanoi using the BOX PCR. Materials and Methods: This experimental study was performed on 23 P. savastanoi isolated from winter Jasmine, Shiraz, Fars, Iran. A IAAL primer and PCR approach was used to direct tracking of the strains. The genotypic characteristics of the P. savastanoi isolates was performed by rep-PCR using BOX primers. The data were next analysed using NTsys-PC software. Results: Base in numerical analysis of phenotypic characteristics, the strains showed 88% similarity to each other. Using IAAL primer and GES buffer obtained from gall extract, DNA fragments with 454 bp length were amplified. Using rep-PCR option and BOX primer in NTsys-pc software, it was shown that the isolates can be divided into three cluster with 81% similarity. These clusters belonged to Shiraz’s Winter Jasmine isolates, Tehran’s Oleander isolate and Tehran’s Olive as well as standard isolate. Conclusion: On the basis of our findings, using BOX-PCR it is possible to differentiate the P. savastanoi isolated from different geographical areas and different hosts. Furthermore, this is the first report of direct detection of P. savastanoi from gall using PCR in Iran.