آنالیز این-سیلیکو از فضای برهمکنش شیمیایی ایجاد شده توسط دیکلوفناک سدیم و رسپتورهای کوروم سنسینگ Las در سودوموناس آئروژینوزا

Subject Areas : Biotechnological Journal of Environmental Microbiology

S. Shirin Shahangian ^{1 *}

1 - گروه بیولوژی ، دانشکده علوم پایه ، دانشگاه گیلان ، رشت ، ایران

Received: 2022-11-16 Accepted : 2022-12-03 Published : 2024-02-10

Keywords: LasI, LasR, داروهای ضدالتهاب غیراستروئیدی, شبیه سازی داکینگ مولکولی,

Abstract :

بیشتر خصوصیات بیماری زایی سودوموناس آئروژینوزا که یک باکتری گرم منفی فرصت طلب است، توسط سیستم های سنجش حد نصاب آن کنترل می شود. بنابراین، مسدود کردن مسیرهای سنجش حد نصاب می تواند به عنوان یک استراتژی مناسب برای مقابله با سودوموناس آئروژینوزا استفاده شود. داروهای ضد التهاب غیر استروئیدی از جمله محبوب ترین مواد شیمیایی مورد استفاده در درمان عفونت های میکروبی هستند. در مطالعه حاضر، فضای برهمکنش شیمیایی دیکلوفناک سدیم، یک داروی ضدالتهاب غیراستروئیدی معروف، در مقابله با دو گیرنده اصلی سیستم سنجش حد نصاب در سودوموناس آئروژینوزا (LasI و LasR) بررسی شده است. ساختارهای بهینه شده لیگاندها و گیرنده‌ها با استفاده از AutoDock Vina که بخشی از نرم‌افزار PyRx است، تحت شبیه‌سازی داکینگ مولکولی قرار گرفتند. نتایج به ‌دست‌آمده از داکینگ مولکولی و تحلیل فضای برهمکنشی، انرژی‌های اتصال مناسبی را برای دیکلوفناک سدیم در مقابله با هر دو گیرنده نشان داد. اگرچه، انرژی اتصال دیکلوفناک سدیم برای گیرنده LasR منفی تر بود که نشان دهنده میل ترکیبی بالاتر دیکلوفناک سدیم برای این گیرنده است. در نهایت، بر اساس نتایج بدست آمده، پیشنهاد می‌شود که دیکلوفناک سدیم پتانسیل خوبی برای اتصال به هر دو گیرنده دارد، که این به نوبه خود می تواند با کاهش بیان برخی از ژن های مربوط به فاکتورهای بیماری زایی همراه باشد. بنابراین، دیکلوفناک سدیم را می توان به عنوان یک مهارکننده بالقوه برای سیستم حد نصاب در سودوموناس آئروژینوزا در نظر گرفت.