ترادفیابی کامل ژنوم یک جدایه از ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی از منطقه عسلویه و تعیین جایگاه تاکسونومیکی آن
محورهای موضوعی : ویروس شناسی
کاووس ایازپور
1
(هیات علمی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد جهرم)
نگهدار اولاد حسین
2
(گروه بیماری شناسی گیاهی، واحد جهرم، دانشگاه آزاد اسلامی، جهرم، ایران)
علی پاک نیت
3
(گروه گیاهپزشکی، مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی فارس، شیراز، ایران)
کلید واژه: استان بوشهر, بگومو ویروس, آغازگر Farsc/PAL1v1987, Farsv/TYLCV-[Ab]1997c,
چکیده مقاله :
سابقه و هدف: بیماری پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی یکی از شایع ترین و مهم ترین بیماری های گوجه فرنگی در ایران است. تعیین ترادف ژنوم ویروس و شناسایی نژاد آن به تولید نژاد مقاوم کمک می کند. هدف از این تحقیق تعیین ترادف کامل ژنوم یک جدایه از ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی، تعیین نژاد و جایگاه تاکسونومیکی آن بود. مواد و روش‌ها: به منظور ترادف یابی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در استان بوشهر، یک جدایه ویروسی از مزارع گوجه فرنگی عسلویه انتخاب و بررسی شد. ابتدا با کمک جفت آغازگرهای دژنره بگومو ویروس ها قطعه ای به طولbp500 در آزمون PCR تکثیر و ترادف یابی گردید. سپس با استفاده از ترادف این قطعه یک جفت آغازگر برای دستیابی به ژنوم کامل ویروس با نامFarsc/Farsv طراحی شد. با کمک ترکیب جفت آغازگر Farsc/PAL1v1987 و جفت آغازگر Farsv/TYLCV-[Ab]1997c ترادف کامل ژنوم ویروس تعیین گردید. با کمک برنامه‌های بیوانفورماتیک و مقایسه ژنوم کامل ویروس با سایر ویروس های منطقه و جهان، جایگاه تاکسونومیکی ویروس عسلویه تعیین گردید. یافتهها: آنالیزهای فیلوژنتیکی نشان داد که جدایه مذکور دارای ژنوم یک بخشی بوده و با نژاد عمانی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی شباهت بیش از 93% دارد. لذا این جدایه واریانتی از نژاد عمانی ویروس است. در تحقیقات دیگر محققین بیان شده بود که در استان بوشهر فقط نژاد TYLCV-IL وجود دارد در حالی که نتایج این تحقیق وجود نژاد TYLCV-OMN را در استان بوشهر به اثبات می رساند. نتیجه‌گیری: با توجه به مطالعات انجام شده جدایه عسلویه عضوی از گروه عمانی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی است که زردی شدید ایجاد می کند.
Background & Objectives: Tomato yellow leaf curl disease (TYLCD) is one of the most common and important tomato diseases in Iran. Sequences of viral genomes help to find and interbreed resistant plant varieties. This study aimed to sequence the complete genome of an isolate of the TYLCV, determine its strain and taxonomic status. Materials & Methods: For this purpose, a viral isolate from Assaluyeh was selected and studied. Using degenerate primers of begomoviruses (BC/PCRV 181) a fragment (500bp) of the genome was amplified in a polymerase chain reaction (PCR). According to the sequence of this fragment (500bp), a primer pair was designed (FarsC/FarsV) to achieve the full genome sequence of the virus. By utilizing a combination of primers (FarsC/PAL1V 1978) / (FarsV/TYLCV-[Ab] 1997C) complete sequence of Asalooyeh isolate was amplified and the taxonomic position of that isolate was determined. Results: Phylogenetic analysis showed that this isolate had a one-part genome and was more than 93% similar to the Omani strain. Therefore, this isolate is an Omani variant of the virus. In other researches, was stated that there is only TYLCV-IL strain in Bushehr province, while the results of this study prove the existence of TYLCV-OMN strain. Conclusion: According to the results of this study Asalooyeh isolate of TYLCV belongs to the Omani strain of TYLCV that produces severe yellowing in host plants.
_||_