بهینه سازی روش آنالیز واحدهای پشت سر هم تکرار شونده (VNTR ) در ماشین های ترموسایکلر کلاسیک به منظور تایپینگ مولکولی بورخولدریا مالئی

محورهای موضوعی : میکروب شناسی مولکولی

رضا نجف پور ¹ (کارشناس ارشد، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرکرد، دانشکده علوم پایه، گروه میکروب شناسی، شهرکرد)
نادر مصوری ² (استادیار، موسسه تحقیقات و سرم سازی رازی، کرج)
کیوان تدین ³ (استادیار، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرکرد، دانشکده علوم پایه، گروه میکروب شناسی، شهرکرد)
الهه تاج بخش ⁴ (استادیار، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد شهرکرد، دانشکده علوم پایه، گروه میکروب شناسی، شهرکرد)

تاریخ دریافت : 1394/02/20 تاریخ پذیرش : 1394/05/05 تاریخ انتشار : 1394/09/10

کلید واژه: لوکوس Bm140, لوکوس Bm1367, بورخولدریا مالئی, لوکوس Bm2065, لوکوس Bm2971,

چکیده مقاله :

سابقه و هدف: بورخولدریا مالئی عامل مشمشه و یکی از قدیمی ترین بیماری های عفونی واگیردار و مشترک بین انسان و حیوان است که اغلب تک سمی ها (اسب، الاغ، قاطر و گورخر) را مبتلا می نماید. همگام با پیشرفت در مطالعه ژنوم باکتری های بیماری زا در سال های اخیر، روش های مولکولی به منظور مطالعه مقایسه ای و اپیدمیولوژی بورخولدریا مالئی توسعه یافته اند. این مطالعه برای اولین بار با هدف بهینه سازی روش آنالیز متکی بر واحدهای پشت سر هم تکرار شونده (VNTR) بر پایه چهار لوکوس BM140 ، BM1367، BM2065 وBM2971 به منظور تایپینگ مولکولی بورخولدریا مالئی انجام شد. مواد و روش ها: در این مطالعه، سویه بورخولدریا مالئی Razi 325 به عنوان سویه استاندارد از آرشیو میکروارگانیسم های موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی تهیه شد. پس از استخراج ژنوم و انجام PCR برای هر 4 لوکوس، نتایج مربوطه برای هر لوکوس به صورت مستقل و تجمیعی مورد بازبینی قرار گرفت. یک دستورالعمل واحد قابل اجرا از نظر دما و غلظت اجزای مهم متغیر سازنده ( کلرایدمنیزیم و پرایمرها) برای همه لوکوس ها تنظیم شد. یافته ها: مقایسه توالی جدایه با سویه های مرجع، پلی مورفیسم را در هر 4 لوکوس مورد مطالعه نشان داد. نتیجه گیری: شاخص ترین یافته کاربردی این تحقیق، توسعه یک دستورالعمل واحد PCR بود که هم از نظر اجزا و هم از نظر دما امکان اجرای چهار واکنش متفاوت را به صورت هم زمان در یک دور فعالیت ماشین PCR فراهم نمود.

چکیده انگلیسی:

Background & Objectives: Glander is one of the important zoonotic diseases that is usually caused in solipeds including horse, donkey, mule, zebra and rarely in human. In the recent years, many molecular methods have been developed for the genome study of the Burkholderia mallei. The present study was aimed to optimize VNTR method on the basis of BM140, BM1367, BM2065 and BM2971 loci in order to molecular typing of B. mallei for the first time. Materials & Methods: In this study, B. mallei Razi 325, as a standard strain, was obtained from the microbial archive of the Razi Vaccine and Serum Research Institute. Following DNA extraction and PCR amplification of 4 loci, results of each locus was analysed independently and in different combinations. A special protocol was set in terms of temperature and concentrations of the cotenants (MgCl2 and primers) for each locus. Results: A comparison of the sequences of our isolate with the standard strains indicated the presence of polymorphism in these loci. Conclusion: Achievement of a common PCR protocol, which  is able to proceed simultaneously four different reactions in one PCR run, was the primary outcome of this research.