بررسی ویژگی های ریخت شناسی و ردیابی ژن‌های موثر در تولید رنگدانه رابری‌فاشینس در باکتری برنریا رابری‌فاشینس عامل شانکر عمیق گردو

محورهای موضوعی : میکروب شناسی گیاهی

وحید امیرسرداری ¹ (کارشناس ارشد، گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان)
میترا امیدی نسب ² (کارشناس ارشد، گروه گیاه‌پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه بوعلی همدان)
کرم سپه‌وند ³ (دانشجوی دکتری، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان لرستان)
حامد نظری ⁴ (کارشناس ارشد، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان لرستان)

تاریخ دریافت : 1395/12/24 تاریخ پذیرش : 1396/02/03 تاریخ انتشار : 1396/09/01

کلید واژه: شانکر عمیق, برنریا رابری‌فاشینس, عوامل بیماری زایی,

چکیده مقاله :

سابقه و هدف: بیماری شانکر عمیق پوستی که توسط باکتری برنریا رابری‌فاشینس ایجاد می‌گردد، از بیماری‌هایی است که باعث کاهش کمیت و کیفیت گردو می‌شود. این مطالعه با هدف شناسایی باکتری شانکر عمیق پوستی بر اساس ویژگی های ریخت شناسی، بیماری‌زایی و استفاده از آغازگرهای اختصاصی ژن‌های مداخله کننده در تولید رنگدانه رابری‌فاشینس انجام گردید. مواد و روش ها: این پژوهش به‌صورت مقطعی- توصیفی بر روی درختان گردو دارای علایم شانکر در استان لرستان انجام شد. پس از خالص‌سازی، شناسایی باکتری ها بر مبنای ویژگی های فنوتیپی جدایه‌ها انجام شد. به‌منظور بررسی دقیق‌تر و ردیابی مستقیم عامل شانکر از آغازگرهای 2BrIF/2BrIR و GSP2F/GSP2R استفاده گردید. همچنین ویژگی های بیماری‌زایی باکتری بر روی نهال و میوه گردو مورد ارزیابی قرار گرفت. یافته‌ها: بر اساس ویژگی های فنوتیپی 14 جدایه به‌عنوان باکتری برنریا رابری‌فاشینس شناسایی شد. این جدایه‌ها در آزمون PCR قطعه مورد نظر 671 و 280 جفت بازی را تکثیر کردند. در آزمون بیماری‌زایی علایم به‌صورت لهیدگی و سیاه شدن بافت در محل تلقیح مشاهده شد. دو جدایه در آنالیز فیلوژنی سطح تشابه 97 و 98 درصدی با دیگر جدایه‌های شناسایی شده در بانک ژنی داشتند. نتیجه‌گیری: آزمون PCR و استفاده از آغازگر‌های اختصاصی یک روش سریع، کاربردی و بسیار حساس در شناسایی باکتری برنریا رابری‌فاشینس نسبت به سایر روش‌های تشخیصی می‌باشد. با توجه به بررسی توان بیماری‌زایی جدایه‌ها در این پژوهش و بروز علایم روی نهال، بیمارگر در شرایط مساعد بیماری خسارت شدیدی به درختان وارد می‌کند.

چکیده انگلیسی:

Background & Objectives: Deep bark canker is a disease which is caused by Brenneria rubrifaciens, and reduces the quality and quantity of Walnut fruits. This study was performed to identify the bacterial agent of deep bark canker based on morphological characteristics, pathogenicity and using specific primers for the genes involved in rubrifacien pigment production.   Materials & Methods: This cross-sectional- descriptive study was performed on walnut trees with canker symptoms in Lorestan Province. Following purification, bacterial identification was performed using the phenotypic characteristics of the bacterial isolates. Further evaluation of the canker agent was carried out using 2BrIF/2BrIFR and GSP2F/GSP2R primers. Also, the virulence properties of the bacteria were tested on walnut seedling and fruits.   Results: Based on the phenotypic characteristics, 14 isolates were identified as B. rubrifaciens. 671 and 280 bp fragments were amplified in the isolates the during PCR test. In pathogenicity test, symptoms of a rotted and blackened tissue were observed at the site of inoculation. In the phylogenetic analysis, two isolates showed 97% and 98% homology with the bacterial isolates identified in the Genbank.   Conclusion: Comparing other methods, PCR using specific primers is a fast, functional and highly sensitive method to detect B. rubrifaciens. Based on our results on the pathogenicity potential of the strains and the occurrence of the symptoms on walnut seedlings, the pathogen under favorable conditions suffers severe damage to the trees.