شناسایی مولکولی کریپتوکوکوس نئوفورمنس در فضولات خشک کبوتر جمع‌آوری شده از غرب تهران
محورهای موضوعی : بیوتکنولوژی و میکروبیولوژی کاربردی
کلید واژه: تهران, PCR, کریپتوکوکوس نئوفورمنس, تشخیص مولکولی, فضولات کبوتر,
چکیده مقاله :
کریپتوکوکوس نئوفورمنس یک مخمر کپسول دار از شاخه بازیدیومیست هاست که در افراد مبتلا به انواع ضعف سیستم ایمنی، بیماری مهلک کریپتوکوکوزیس را ایجاد می نماید. گونه نئوفورمنس به سه واریته تقسیم می شود که مخازن طبیعی آن ها فضولات کبوتر و درختان اکالیپتوس می باشند. با توجه به نقشی که کریپتوکوکوس نئوفورمنس در ایجاد عفونت های کریپتوکوکی در افراد دچار نقص ایمنی دارد، شناسایی دقیق این قارچ در نمونه های طبیعی هم چون فضولات کبوتر از اهمیت خاصی برخوردار است. هدف از این مطالعه، شناسایی مولکولی کریپتوکوکوس نئوفورمنس در فضولات کبوتر جمع آوری شده کبوتر به روش PCR استاندارد حاوی اینترنال کنترل می باشد. شناساییکریپتوکوکوس نئوفورمنس در فضولات کبوتر با روش PCR و بر روی DNA استخراج شده از نمونه ها با روش جوشاندن انجام گرفت. به این منظور از بخشی از ژن rDNA کریپتوکوکوس نئوفورمنس به همراه پرایمرهای اختصاصی آن شامل CN4 و ITS1جمعاً به طول 415 جفت باز به عنوان ژن هدف استفاده گردید. بعد از بهینه نمودن تست و بررسی حساسیت و ویژگی،تست PCRبه همراه اینترنال کنترل رقابتیبر روی 100 نمونه فضولات کبوتر جمع آوری شده از نقاط مختلف غرب تهران انجام گرفت. در نتیجه تست PCR همراه با اینترنال کنترل، از بین 100 نمونه فضولات کبوتر،11 نمونه مثبت گردید.حساسیت تست PCR برای کریپتوکوکوس نئوفورمنس برابر با 10 DNA به دست آمد. در آزمایش ویژگی با DNAهای مورد تست هیچ محصولی تکثیر نگردید که موید اختصاصیت صد در صدی تست مورد استفاده در این مطالعه بود. بر اساس نتایج حاصل از این مطالعه می توان نتیجه گرفت که تست PCR روشی سریع و قابل اعتماد برای تشخیص کریپتوکوکوس نئوفورمنس در نمونه هایی هم چون فضولات کبوتر می باشد.
Cryptococcus neoformans is an encapsulated yeast belongs to basidiomycota that causes a life-threatening disease, cryptococcosis, in immunocompromised hosts. C. neoformans classifies to three varieties which habitat on pigeon droppings and eucalyptus trees. because of it’s role in cryptococcal infections in immunocompromised patients, detection of this funge in natural samples like pigeon droppings has got a great importance. The aim of this study is a molecular detection of C. neoformans in pigeon dropping specimens by standard PCR containing internal control. Diagnosis of C. neoformans in pigeon droppings was done by DNA extraction of specimens via boiling. A part of C. neoformans rDNA along with its specific primers include ITS1 and CN4 – all as a 415bp segment- was used as the target gene in PCR test. PCR test’s specificity and sensitivity were optimized. Then by using a competitive internal control, PCR test was performed on 100 collected pigeon dropping specimens.Out of 100 tested specimens, 11 positive results were come out after PCR test with internal control. Test’s sensitivity for C. neoformans was 10 DNA molecules. No other product was amplified through PCR test which proves test’s 100% specificity.In according to this project’s results, it is culminated that PCR test is a fast, reliable method to detect C. neoformans existence in natural specimens like pigeon droppings
_||_